Много трудов положил святитель Иннокентий и на благоустройство вверенной ему Московской епархии, улучшение преподавания в духовноучебных заведениях, облегчение нужд духовенства, благотворительность. «Он привлек к себе любовь не только духовенства, но и паствы своей добротой, доступностью, простотой обращения. Он явил в себе образ любвеобильного отца-пастыря и своим примером разрушил искусственные преграды, установившиеся между епископами и паствой. Он являлся наружно тем, чем был внутренне: прямым, честным, искренним, любвеобильным и благожелательным пастырем. По нравственному характеру он был человек дела и труда, на подвиг, на лишения и на терпение всегда готовый, к себе неумолимо строгий, неустанно деятельный».
Дважды (в 1860 и 1861 гг.) святитель Иннокентий встречался с апостолом Японии — святителем Николаем (Касаткиным, † 3/16 февраля 1912), которому передал свой духовный опыт.
Начав апостольские труды приходским священником, святитель Иннокентий завершил их на кафедре Московских первоиерархов (с 5 января 1868 г. по 31 марта 1879 г.). Преданный воле Божией в течение всей жизни, он оставил завет веры своим преемникам, указав на слова пророка: От Господа стопы человеку исправляются (Пс. 36, 23). Замечательный проповедник, святитель Иннокентий говорил: «Только тот, кто избыточествует верою и любовью, может иметь уста и премудрость, ей же не возмогут противиться сердца слушающих».
6 октября (23 сентября церковного стиля) 1977 года определением Священного Синода Русской Православной Церкви (в ответ на просьбу Священного Синода Православной Церкви в Америке от 8 мая 1974 года) митрополит Иннокентий, святитель Московский и апостол Америки и Сибири, был причислен к лику святых. Празднование его памяти установлено дважды в год: 31 марта/13 апреля — в день блаженной кончины († 1879) и 23 сентября/6 октября в день его прославления.
Во вся страны полунощныя изыде вещание твое, яко приемшия слово твое, ихже боголепно научил еси, неведущия Христа светом Евангелия просветил еси, человеческия обычаи украсил еси. Российская похвало, святителю отче наш Иннокентие, моли Христа Бога спастися душам нашим.
Первый учитель прежде темным языческим племенам, первый возвеститель им пути спасительнаго, апостольски потрудивыйся в просвещении Сибири и Америки, святителю отче наш Иннокентие, Владыку всех моли мир вселенней даровати и душам нашим велию милость.
Истинный и неложный учитель был еси: заповеданная бо Господем сам сотворив, имже учил еси и наказал еси ко благочестию приходящая чада, неверныя вразумлял еси познати веру истинную, просвещая их святым крещением.