При нем была построена двухэтажная церковь: верхняя во имя святого Феодора Ярославича, старшего брата Александра Невского, и нижняя во имя святителя Иоанна Златоуста.
В 1747 году скончался Иркутский епископ Иннокентий (Нерунович). Шесть лет самая большая по территории Иркутская епархия оставалась без духовного окормления.
Наконец императрица Елизавета Петровна (1741–1761) указом от 23 февраля 1753 года рекомендовала Святейшему Синоду благочестивого наместника Александро-Невского монастыря святого Софрония как «лицо, не только достойное епископского сана, но и вполне могущее оправдать желание и надежды государыни и Синода — подъять бремя епископского служения на далекой окраине и удовлетворить нужды паствы в суровой стране, среди дикой природы и произвола людского».
18 апреля 1753 года, в неделю о Фоме, в большом Успенском соборе Московского Кремля святой Софроний был рукоположен во епископа Иркутского и Нерчинского. В Москве большие услуги святителю оказал архиепископ Московский и Севский Платон (Малиновский), который участвовал в его хиротонии. Он преподал ему отеческие наставления на предстоящий подвиг, так как был хорошо знаком с особенностями сибирского духовного быта, предупреждал о своеволии местных властей и советовал подобрать надежных помощников.
Предвидя трудное служение в отдаленном Сибирском крае, новопоставленный святитель не отправился сразу в Иркутскую епархию, но начал подбирать образованных и духовно опытных сотрудников. Святитель Софроний посетил свою первую Красногорскую обитель, был и у святынь Киева, где испрашивал благословение на свое служение у Киево-Печерских угодников.
20 марта 1754 года святитель прибыл в Иркутск. Вначале он заехал в Вознесенский монастырь — место жительства своих предшественников, молился на могиле святителя Иннокентия (Кульчицкого, † 1731; память 26 ноября/9 декабря). Ко времени приезда святителя Софрония иркутские обители уже имели почти столетнюю историю. Основатели этих монастырей были исполнены горячим желанием иноческого, подвижнического жития.
Ознакомившись с положением дел в епархии, святитель Софроний приступил к преобразованиям в Духовной консистории, монастырях и приходах, обратился в Святейший Синод с просьбой прислать достойных людей для священнослужения в Иркутской епархии. Проницательный святитель назначал настоятелями монастырей людей благочестивых, мудрых, деятельных, с большим жизненным и духовным опытом. В 1754 году святитель