До конца своих дней святитель Софроний сохранял любовь к Красногорской Золотоношской обители, которая взлелеяла его в дни юности. Он постоянно способствовал поддержанию в ней благолепия, посылал для этого необходимые средства.
Чувствуя ухудшение здоровья, святитель Софроний подал прошение в Синод об увольнении его на покой. Но с ответом из Петербурга медлили, потому что трудно было подобрать достойного преемника.
Последние дни жизни святитель Софроний провел в молитвенном подвиге. Скончался он в преклонных летах 30 марта 1771 года, на второй день Пасхи.
Празднование святителю Софронию установлено на Поместном Соборе Русской Православной Церкви 10–23 апреля 1928 года. На второй сессии этого Собора под председательством святейшего патриарха Московского и всея Руси Тихона, была утверждена служба святителю Софронию.
Тропарь в этой службе составлен управлявшим в то время Иркутской епархией архиепископом Иоанном. Другой тропарь употребляется ныне в Красногорском Золотоношском женском монастыре в честь Покрова Божией Матери.
Память святителя Софрония совершается также 30 июня/13 июля, в связи с прославлением его 30 июня 1918 года.
От юности Христа возлюбил еси, блаженне Софроние, добре управил еси иноческия обители и, архиерейства саном почтен быв, упасл еси иркутскую паству, темже и по преставлении дарования чудес от Бога приял еси и молиши Христа Бога избавити нас от бед и спасти души наша.
Скорый в бедах и скорбех заступниче, отче иерарше страны Сибирския святителю Софроние, на Небеси предстояй с первоиерархом Иркутския Церкве и всеми святыми, выну имаши благоволение Господа славы, призри на люди, притекающия к честным останкам святых мощей твоих, с верою и любовию слезно просящия твоея помощи и заступления, моли Егоже проповедал еси людем Сибири избавити я от находящих зол и наветов вражиих, просветити людей оледеневшая древле неверием сердца, даровати утверждение веры Христовы и спасти души наша.
Соименнаго мудрости иерарха, изрядное Церкве Иркутския украшение, отца нашего святителя Софрония любовию восхвалим вси вернии, той бо есть хранитель града и страны сея и молитвенник о душах наших.
Пастырей Начальнику Христу трудился еси, святителю Софроние, на пажити духовней северныя страны нашея, языцы монгольстии от прелести и скверны идольския избавляя, привел еси я к свету веры Христовой, и ныне, со Ангелы Владычню Престолу предстоя, моли непрестанно о всех нас, избавити ны от бед и спасти души наша.
Святче Божий, святителю Христов, добрый пастырю словеснаго стада, человече Божий, новый чудотворче и неусыпный к Богу молитвенниче за страну сию, отче Софроние, призри с высоты Небесныя на нас, с верою и любовию поклоняющихся