Иван IV воспринял строгановские победы как простое расширение обширных вотчин именитых людей. Весной 1583 года «для присмотра» за Строгановыми и Ермаком в Сибирь были отправлены триста стрельцов. Продовольствия у них не было и в Искере начался голод. К весне 1854 года у Ермака осталось только сто пятьдесят казаков. Строгановы по указу Ивана IV охраняли восточную границу, больше не могли послать Ермаку ни одного человека. 6 августа 1585 года на иртышском острове в устье Вагал у урочища Атбали в результате обмана Ермак и остатки его дружины погибли в яростном ночном бою.
За труды Строгановых по присоединению Сибири к Московскому царству Иван IV разрешил им торговать беспошлинно на территории своих вотчин.
Московским царем в 1583 году стал сын Ивана IV Федор Иоаннович, начинавший свой день с молитвы: «Дай, Господи, никому не сделать ничего плохого». Правительство возглавил боярин Борис Годунов, чья сестра Ирина была женой царя. Все современники писали, что при Борисе Годунове «народ отдохнул». Борис Годунов заключил мир с Речью Посполитой, укрепил границы, начал восстановление крестьянских хозяйств, разрешенных Иваном IV.
В 1589 году в Московском царстве был введен сан патриарха. Титул патриарха (греч. patriarches – отец, управляю) был установлен в 451 году Халкидонским собором. Так стали называть главу самостоятельной, автокефальной христианской церкви. После разделения в 1054 году церкви на западную – католическую и восточную – православную титул патриарха остался за высшими иерархами восточной церкви. В Византийской империи восточную церковь возглавили четыре патриарха – Константинопольский, Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский.
Выбранный в 1589 году московский патриарх Иов был посвящен в сан константинопольским патриархом Иеремией. Назвав Иова «отцом отцов и патриархом всех северных земель», константинопольский патриарх уехал домой, щедро награжденный драгоценными кубками, жемчугом, деньгами, соболями и шелком. Восточные патриархи подтвердили учреждение патриаршества в Московском царстве, что значительно подняло его авторитет, потерянный во время правления Ивана IV Ужасного. По принятому Русской церковью уставу избиравшийся пожизненно патриарх управлял церковью вместе со священным Синодом и подчинялся только Поместному и Архиерейскому соборам.
В 1598 году со смертью Федора Иоанновича династия Рюриковичей пресеклась. Новым царем был избран Борис Годунов. Он в первую очередь завершил присоединение Сибири, построил и укрепил Тюмень, Тобольск, Томск и Туринск. Он строил многие новые города, приглашал из-за границы врачей и аптекарей. Он начал борьбу с народным пьянством, чем многих настроил против себя. Он хотел создать в России школы с изучением иностранных языков и вызвать для этого учителей из Европы. Борис Годунов послал за границу учиться двадцать дворян, которые после учебы в Европе не захотели возвращаться в допетровскую Россию.
Активная внутренняя политика требовала больших