Начало формирования Патримония св. Петра восходит к первой половине IV века, когда Римская Церковь получила реальные дарения от императора Константина I, которые не следует путать с мифическим «Даром Константина», подложным документом, составленном в IX веке. А также дарения от частных лиц, в том числе от самих Римских Пап, так как человек, избранный Папой, все свое имущество передавал Римской Церкви. Григорий I сформировал четкую структуру Патримония св. Петра, превратив его в эффективное и высокорентабельное хозяйство. Патримоний св. Петра был разделен по территориальному принципу на отдельные патримонии. Согласно каталогу начала VII века, в самой Италии насчитывалось 14 патримониев. Вне Италии было еще четыре патримония: два в Далмации и Иллирике, один в Южной Галлии (владения в окрестностях Арелата, современный Арль, и Массилии, современный Марсель); один в Северной Африке, в состав которого входили владения около Гиппона (Ruggini, 1995, p. 238–261, 481–485).
Во главе каждого патримония стоял ректор, который назначался Папой из числа диаконов или субдиаконов. Патримонии делились на «массы» (massae [fundorum]), то есть отдельные земельные поместья, во главе массы стоял «кондуктор» (conductor), подчинявшийся ректору патримония. В состав массы входило несколько «фундов» (fundus – отдельное хозяйство). Координацию централизованного управления в Риме осуществлял «диспенсатор» (dispensator Ecclesiae). Наряду с этими постоянными должностными лицами Григорий I ввел также должности «дефенсора» (defensor) и «респонсала» (responsalis), выполнявших по поручению Папы инспектирование патримониев. Каждый ректор направлял в Рим ежегодный отчет, который внимательно изучался Григорием I. Сохранилась обширная переписка Григория I с ректорами патримониев по поводу полученных отчетов, которым он давал советы и конкретные рекомендации. Он был хорошим хозяином, вникавшим в мельчайшие подробности управления владениями (Лыс, 1972, с. 79 – 121). Благодаря налаженной Григорием I высокоэффективной хозяйственной деятельности, он мог кормить бедных во время голода, создавать приюты и больницы, а также организовывать оборону Рима.
Особое внимание Григорий I уделял вопросу замещения епископских кафедр, ясно осознавая, что на епископов его времени возложена не только пастырская деятельность, но и решение многих экономических, политических, а подчас и военных задач. Так, он писал в Неаполь в связи с избранием нового епископа: «Говорят, что избранный вами диакон Пётр человек простой. Так знайте же, в такое время во главе управления Церковью должен стоять человек, который не только бы занимался спасением душ, но даже, может быть, в большей степени, умел бы заботиться о мирских делах своей паствы и обеспечении ее безопасности» (Gregorius I Papa, Registrum epistolarum, Liber X, epistola 62).
Подобная причина вызвала недовольство Григория I и деятельностью Равеннского архиепископа Мариниана, которого он прежде сам рекомендовал.