Будучи в Константинополе, Григорий принял участие в теологическом споре, возникшем по поводу книги Константинопольского патриарха Евтихия, в которой тот утверждал, что после воскресения тело будет неосязаемым, тоньше ветра и воздуха. Описание этого диспута приводит английский историк Беда Достопочтенный: «Во время своего пребывания в Константинополе святой Григорий, опираясь на истину Католической Церкви, уничтожил в самом начале зарождавшуюся тогда ересь в вопросе о воскресении тела. Евтихий, епископ Константинопольский, выдавал за догмат, что наше тело после воскресения из мертвых будет неосязаемо и тоньше ветра и воздуха. Услышав такое учение, святой Григорий, опираясь на смысл истины и пример воскресения Господа, доказал, что учение, проповедуемое Евтихием, во всех отношениях противоречит католической вере, которая учит, что тело наше будет превознесено во славе бессмертия и под действием духовной силы будет тонким, но по истинной своей природе осязаемым. Это видно на примере тела Господа, о котором Спаситель, воскреснув из мертвых, сказал Своим ученикам: «Осязайте и увидите, ибо дух не имеет ни плоти, ни костей, как вы видите, Я имею» (Beda Venerabilis, Historia ecclesiastica gentis anglorum, II, 4). Помимо аргументов из Библии, Григорий привел оригинальный и не лишенный чувства юмора аргумент из области здравого смысла против утверждения Евтихия о том, что тело после воскресения будет другим: так, если тело после воскресения будет другим, то получается, как он сам пишет, что «умру я, а воскреснет другой» (Gregorius I Papa, Moralia, XIV, 19, 76).
Из Константинополя Григорий вернулся в конце 585 или начале 586 года и стал ближайшим помощником Папы Пелагия II. По-видимому, он принимал непосредственное участие в написании обширного послания Пелагия II «Virtutum mater charitas», адресованного Аквилейскому патриарху Илие и епископам Истрии, находившимся в схизме с Римом из-за непринятия решений V Вселенского Собора (Задворный, 1997, т. 2, с. 145–187).
3 сентября 590 года Григорий был избран на Апостольский Престол. И одной из важнейших задач, которая встала перед ним, была оборона Рима. В 568 году, согласно принятой большинством исследователей хронологии [Bertolini, 1969, p. 29–48], волна лангобардского нашествия перевалила через Альпы. Вскоре лангобарды основали в северной Италии Лангобардское королевство, в центральной Италии Сполетское герцогство, а на юге Италии – Беневентское герцогство, в результате чего кольцо их владений окружило Рим. Григорий I стал епископом Рима в то время, когда лангобарды завоевывали все новые италийские земли. Король Агилульф вел наступление в Северной Италии, с юга приближался к Риму Беневентский герцог Арехис I, а в центре Италии Сполетский герцог Ариульф, тесня границы Равеннского экзархата, также подступал и к Риму [Удальцова, 1959, с. 346]. Помимо принятия срочных мер по укреплению обороны, главным для Григория I было стремление урегулировать отношения с лангобардами дипломатическим путем, но заключению мирного договора всячески препятствовало византийское правительство, которое, однако, и