Кораблестроительно-Технический департамент был упразднен, а его функции переданы Морскому Техническому комитету, ставшему коллегиальным учреждением. Возникшая в результате структура центрального управления морским ведомством получила впоследствии название «системы 1867 г.».
В 1881 г. Константин Николаевич, после смерти старшего брата, вынужден был покинуть пост главного начальника флота и морского ведомства. Его сменил брат нового императора Александра III великий князь Алексей Александрович (1850-1908). Как и его дядю, Константина Николаевича, Алексея Александровича с детства готовили к роли будущего вождя русского флота. В 1871 г., когда великому князю исполнился двадцать один год, он был назначен старшим офицером фрегата «Светлана», на котором совершил плавание в Северную Америку, обогнул мыс Доброй Надежды, посетил Китай и Японию и побывал во Владивостоке. Алексей Александрович принял участие и в русско-турецкой войне 1877-1878 гг., наводя переправу через Дунай. 13 июля 1881 г. великий князь занял пост главного начальника флота и морского ведомства, а в 1888 г. получил чин генерал-адмирала.
Россия вступила в Русско-японскую войну, имея Морское министерство, структура которого была разработана и введена в первой половине 80-х гг. XIX в., при управляющем Морским министерством адмирале Иване Алексеевиче Шестакове (1820-1888). Его личность и деятельность вызвали в свое время крайне противоречивые оценки. Особенно негативно многие аспекты деятельности Ивана Алексеевича оценивались после Русско-японской войны, поскольку некоторые считали его человеком, заложившим основы поражения в той войне.
Карьера И. А. Шестакова сделала несколько резких поворотов. В 1836 г. гардемарин Морского корпуса, несмотря на успехи в учебе, был исключен за дисциплинарный проступок, но не оставил мечту о море и поступил юнкером в Черноморский флот в пору его расцвета. И. А. Шестаков участвовал в нескольких боевых операциях, в том числе и в высадке у мыса Адлер в 1837 г. Молодой человек был замечен адмиралом М.П. Лазаревым, стал его адъютантом, а в 1854 г. он становится адъютантом великого князя Константина Николаевича и исполняет несколько важных поручений, связанных со строительством новейших кораблей, как в России, так и в США. Позднее он командует русским отрядом в Средиземном море, занимает пост помощника командира Кронштадтского порта по морской части. Казалось бы, И. А. Шестакову предстоят новые высокие назначения, но в 1866 г. он оказался градоначальником в городе Таганроге, потом был два года Виленским губернатором, а затем был вынужден уйти в отставку из-за конфликта вокруг отношения к «польскому элементу». И.А. Шестаков, носитель по сути буржуазного подхода к национальным отношениям, был рьяным сторонником насаждения