А. И. Лебедев предлагал новую структуру Архива, который должен был подразделяться на отделы: Исторический, Текущий (принимает документы с флотов, от учреждений в Петрограде и от местных архивных отделений), Военно-морской для собирания материалов войны 1914-1917 гг. и революции, Управление архивной частью и местные отделения в портах[41].
15 марта 1918 г. ВМК утвердила временное Положение и временные штаты Центрального архива в соответствии с предложениями А. И. Лебедева[42]. 21 марта Канцелярия Морского министерства указала ВМК, что при утверждении временных штатов Архива был нарушен принятый порядок. Следовало сначала направить новые штаты на рассмотрение Наркоматов финансов и государственного контроля, а затем – в Особый комитет по сокращению государственных расходов при Высшем совете народного хозяйства (ВСНХ), созданный Совнаркомом декретом от 16 февраля[43]. Окончательно временное положение, временный штат и временное штатное расписание Архива были утверждены только 28 апреля 1918 г.[44]
В соответствии с Декретом Совета Народных комиссаров от 1 июня 1918 г. «О реорганизации и централизации архивного дела» заканчивается история Архива как ведомственного учреждения. Центральный архив флота и морского ведомства включается в состав 2-го военно-морского отделения III секции Единого государственного архивного фонда.
Тем не менее, в морском ведомстве оставался архивный орган – по инициативе начальника МГШ Е.А. Беренса и комиссара штаба Л.М. Рейснер приказом по флоту и морскому ведомству от 14 февраля 1919 г. было образовано Архивное отделение флота и морского ведомства с подчинением Комиссии по исследованию и использованию опыта войны на море в 1914-1918 гг. (Мориском).
Задачей Архивного отделения было собирание архивных материалов и приведение их в порядок. Работа велась под руководством управляющего 2-м отделением III-й секции ЕГАФ (бывший Архив Морского министерства) А. И. Лебедева[45]. Он был опытным архивным работником и заведовал Архивом Морского