Важно отметить и то, что до появления радиосвязи вопрос об организации взаимодействия эскадр и отдельных кораблей, находящихся в море, стоял совершенно в другой плоскости, чем после внедрения изобретения А. А. Попова в жизнь. В ту эпоху корабль или эскадра, вышедшие из своего порта, почти полностью теряли связь с миром, и их командир должен был принимать все решения совершенно самостоятельно. Управление флотом с берега было технически невозможно. Поэтому штабы на флотах в то время были гораздо малочисленнее и играли менее важную роль, чем на суше. Моряки привыкли, что планы боевых действий почти полностью вынашиваются лично флотоводцем, а несколько офицеров его штаба лишь оформляют эти планы на бумаге. Кроме того, у всех перед глазами был пример сухопутной армии, где существовал особый корпус офицеров Генерального штаба, а рознь между генштабистами и строевыми офицерами стала притчей во языцех. Генштабисты чувствовали себя высшей кастой по отношению к армейским строевым офицерам, а те платили им лютой завистью. Флотское начальство не желало вносить раздоры в монолитную военно-морскую среду. Все это делало создание Морского Генерального штаба несвоевременным.
Зачастую И. А. Шестаков подвергался нападкам за пренебрежение военно-морской наукой. Сам он писал об этом так: «Существенно дельно только введение военно-морской науки в академию, о чем мы давно думаем, но нельзя проповедовать латынь, не имея латинистов, а вырабатывать новую науку, не имея, чем поверить ее выводы, т. е. судов – бесполезная канцелярщина, о которой Лихачев так печалится»[64]. Говоря о «введении военно-морской науки в академию», И.А. Шестаков