Сохранилось немного свидетельств о деятельности Аракчеева в этот период, и среди них ни одного о его работе в должности инспектора артиллерии, предвосхитившей те реформы, которые он должен был претворять в жизнь во время царствования Александра. Систематическое управление было ни в коей мере невозможно во время царствования Павла, отказывавшегося назначать главу Военной коллегии, которая управляла армией, предпочитая сам занимать этот пост. Руководя артиллерией, Аракчеев проявил несколько актов милосердия, считающихся примерами чувства справедливости, которое скрывалось за его грубой внешностью; но для историка более позднего времени эти случаи характеризуют скорее случайную и дикую природу этой сиюминутной справедливости, чем доброту Аракчеева42. Так, некоего штабс-капитана Лопатина приговорили к временному понижению в должности «за разнообразные запрещенные действия»; «ввиду того факта, что он уже провел десять лет под арестом в кандалах», Аракчеев порекомендовал отменить последующее наказание.
К концу 1799 г. немногим из тех, кто получил высокие должности от Павла сразу после его вступления на престол, удалось сохранить свое положение. Шведский посол писал домой: «Я могу бесконечно перечислять людей, которых видел обласканными при дворе и которые потом куда-то исчезли. Министры, генералы и фавориты менялись постоянно, почти ежедневно». Непрерывная череда повышений и понижений в должности повергла государственный аппарат в хаос и оттолкнула от императора его самых преданных слуг, включая старых друзей, таких, как Плещеев и Алексей Куракин. Лишь камердинер и наперсник императора Кутайсов, всеми ненавидимый глава тайной полиции Обольянинов, Ростопчин да Аракчеев были неуязвимы. Наконец на Аракчеева обрушился новый удар, на этот раз полностью спровоцированный им же.
Успехи Аракчеева способствовали карьере двух его братьев, которые после восшествия Павла на престол стали офицерами гвардии. В 1799 г. его младший брат Андрей был произведен в генерал-майоры и принял командование батальоном полевой артиллерии. В сентябре его батальон охранял оружейный склад, в котором находилась старая орудийная колесница. Однажды ночью воры проскользнули мимо караульного и сумели украсть расшитые золотом знамена, золотые галуны и кисти, которыми была украшена колесница. Естественно, о краже следовало доложить императору; но Аракчееву очень хотелось спасти брата от беды. В рапорте Павлу он сообщил, что офицер, проводивший расследование, выяснил, что «окна склада, через которые офицеры, отвечавшие за охрану склада, обнаружили, что произошла кража, были разбиты ранее. Таким образом, у людей была причина подумать, что кража имела место не этой ночью, а ранее». Неизвестно, подсказал ли ему это Аракчеев, но император, всегда поспешный в своих решениях, немедленно отстранил от службы полковника Вильде – офицера, дежурившего предыдущей