Пять лет, проведенных в Константинополе, стали для о. Антонина самыми плодотворными в научном отношении. Заниматься раскопками здесь ему не пришлось, но зато было много работы с рукописями и надписями. В 1862 году архим. Антонин составил каталог 624 византийских рукописей библиотеки Иерусалимского Святогробского подворья в Константинополе. Работая над этим собранием, он первым обратил внимание ученых на уникальный рукописный сборник, содержащий текст раннехристианского произведения Дидахе, написанного на рубеже I и II веков и считавшегося утерянным. Имея опыт работы с рукописями в Константинополе и на Афоне, в 1870 году Капустин составил описание двух тысяч рукописей монастыря св. Екатерины на Синае – первый в истории каталог Синайского собрания.
В сентябре 1857 года о. Антонин впервые совершил путешествие на Святую Землю: ему как раз исполнилось 40 лет. Это путешествие было паломническим: Капустин провел на Святой Земле всего пять дней и даже не предполагал, что ему предстоит прожить в Иерусалиме 30 лет и что именно иерусалимский период его жизни станет самым наполненным и плодотворным. Удивительная особенность мировосприятия о. Антонина заключалась в том, что в древних руинах Святой Земли он видел не только великое прошлое, но и великое будущее. В современных ему нехристианах Капустин видел будущих христиан. Возвращение в Яффу из Иерусалима о. Антонин описывал так: «Трехчасовой последний мой путь по Святой Земле совершен был под самыми благими впечатлениями. Прошедшее представлялось сладким сном, будущее – великолепным праздником»[2]. Человеку с таким видением мира предстояло стать выдающимся пастырем и строителем на Святой Земле.
Когда о. Антонин оказался в Иерусалиме в 1865 г. уже постоянно, то примером для него стала деятельность не только прямых предшественников, но также и западнохристианских миссий – католических и протестантских, уже два десятилетия активно работавших на Святой Земле. Их обычный миссионерский подход был прост: сначала лечить, потом учить, а уж после этого приглашать присоединиться к своей церкви. В середине XIX века, как раз в капустинское время, потери среди православной паствы Иерусалимского и Антиохийского патриархатов были огромные: в католичество переходили тысячи православных арабов. Архим. Антонин решил, что Русская миссия должна помогать местной церкви в сохранении паствы. В первую очередь через школьное образование, ведь именно этим были сильны католики. В результате работы Русской Духовной Миссии и других русских организаций к началу XX века на Ближнем Востоке было более сотни русских общеобразовательных школ.
Для создания