Первая Русская миссия пробыла в Иерусалиме семь лет, с 1847 до 1854 г., и была прервана Крымской войной. По своему статусу ее члены считались паломниками, задержавшимися в Иерусалиме, а не постоянными его жителями. «Иду туда, – писал о. Порфирий, – иду с радостию, с самоотвержением, с упованием на помощь Божию… Любо мне жить в Иерусалиме, где я господин своего ума, своей воли, своего времени и дела» (3.151, 354). Как и позже о. Антонин (Капустин), о. Порфирий чувствовал себя в Иерусалиме свободным от всех петербургских синодальных ограничений. В непосредственной близости не было никаких начальников. Члены миссии делали новое дело, успех которого зависел от их собственного усердия и молитв. И главное, им самим было интересно и то, что они делали, и сам христианский Восток. Первая Русская миссия в Иерусалиме состояла из четырех человек. Ближайшим помощником архим. Порфирия (Успенского) на Святой Земле стал 32-летний иеромонах Феофан (Говоров) – будущий святитель Феофан Затворник.
После Крымской войны Русская Духовная Миссия получила возможность вернуться в Иерусалим. Русский Синод назначил ее главой не архимандрита, как было раньше, а епископа. Эта мера должна была повысить статус миссии в глазах местных властей и жителей Иерусалима – в новых условиях это казалось очень важным. Аналогичный случай будет иметь место в 20-е годы XX столетия, когда для наблюдения за делами Русской миссии со стороны Русского зарубежного синода тоже будет назначаться архиерей.
Период с окончания Крымской войны и до назначения в Иерусалим о. Антонина (Капустина) в 1864 году был для Русской Духовной Миссии переходным. С одной стороны, в составе миссии работали замечательные люди, помогавшие церкви на иных поприщах. С другой – все эти годы миссию сотрясали непрерывные конфликты: с русским МИДом, с Иерусалимским патриархом, внутри миссии – между ее сотрудниками и начальником. В конце концов, миссия оказалась на грани закрытия и превращения в обычную посольскую церковь, а Иерусалимский патриарх в какой-то момент даже отказал начальнику миссии в праве служения на святых местах. Эта ситуация будет распутана в середине 60-х годов о. Антонином (Капустиным, 1817–1894), который умел совмещать собственную инициативу с тонким лавированием между российским Синодом и МИДом.
О. Антонин был выходцем из примерно той же среды, что и его предшественник – архим. Порфирий (Успенский),