Единую систему органов национальной безопасности Кыргызской Республики образуют ГКНБ Кыргызской Республики, областные управления (отделы) ГКНБ Кыргызской Республики (УМНБ, ОМНБ) и подчиненные им городские, районные отделы (отделения) (ГО, РО ГКНБ), а также органы военной контрразведки.
Согласно информации, размещенной на официальном сайте Министерства обороны республики, «в интересах обеспечения национальной безопасности Кыргызской Республик органы национальной безопасности:
1. Осуществляют разведывательную и контрразведывательную деятельность; ведут борьбу с разведывательно-подрывной деятельностью специальных служб иностранных государств и организаций, терроризмом, коррупцией, контрабандой и наркобизнесом; участвуют в защите конституционного строя, суверенитета и территориальной целостности Кыргызской Республики от противоправных посягательств.
2. Разрабатывают и осуществляют меры по выявлению, предупреждению и пресечению преступлений, расследование которых отнесено законодательством Кыргызской Республики к ведению органов национальной безопасности; осуществляют оперативно-розыскные мероприятия, дознание и предварительное следствие в отношении лиц, совершивших преступления или подозреваемых в их совершении, в том числе с использованием оперативно-технических и других средств; ведут учет этих лиц.
3. Организуют систему защиты государственных секретов, представляют по запросам компетентных органов власти информацию на отдельных лиц в связи с решением, в установленном порядке, вопроса о допуске к секретным сведениям.
4. Участвуют в разработке мероприятий и осуществляют меры по обеспечению безопасности объектов оборонной промышленности, транспорта, связи, финансово-кредитной системы и других важных народно-хозяйственных объектов, перечень которых определяет Правительство Кыргызской Республики; участвуют в обеспечении безопасности специальных перевозок на железнодорожном и воздушном транспорте.
5. Проводят совместно с научно-исследовательскими организациями исследования и прогнозирование развития общественных процессов и проблем, затрагивающих интересы национальной безопасности; ведут информационно-аналитическую работу в целях удовлетворения потребностей разведки и контрразведки; осуществляют разработку, производство