16 августа военные Киргизии начали второй этап операции по ликвидации группировки боевиков, вторгшихся 31 июля на территорию Киргизии из Таджикистана и захвативших заложников, заявил секретарь Совета безопасности Киргизии Эсен Топоев. По его словам, основной целью первой части операции против боевиков являлось освобождение заложников, и эта задача была выполнена. Отвечая на вопрос журналистов, был ли за заложников выплачен выкуп, он заявил: «Главное – было освободить граждан нашей республики, и силовые структуры с этим справились». Как подчеркнул секретарь Совета безопасности Киргизии, «сейчас силовики в Баткенском районе принимают меры по локализации бандформирования». Он также отметил, что боевики «нарушили законы Кыргызстана и им придется отвечать по существующим в республике нормам». В тот же день министр иностранных дел Таджикистана Талбак Назаров вручил ноту протеста послу Узбекистана в Душанбе Бахтиеру Урдашеву по поводу бомбардировки сел Джиргатальского района. Встреча проходила без свидетелей, но, по информации руководителя департамента информации и печати МИД РТ Игоря Саттарова, таджикской стороной было выражено недоумение по поводу «ничем не оправданной акции ВВС Узбекистана» и высказано «требование по недопущению впредь подобных действий, идущих вразрез с принципами и характером сложившихся взаимоотношений между двумя странами». В ответной ноте МИД Узбекистана сообщил, что ведомству «ничего не известно об изложенных в Душанбе фактах».
Бомбардировки территории Киргизии, где находятся боевики, были проведены по согласованию с властями Киргизии, – сообщили на брифинге в Ташкенте 17 августа министр иностранных дел Узбекистана Абдулазиз Камилов и секретарь Совета национальной безопасности при президенте Республики Узбекистан Миракбар Рахманкулов. Бомбардировка проводилась с целью нейтрализации и ликвидации бандформирования, «окопавшегося в труднодоступной горной местности». По словам Абдулазиза Камилова, Киргизия обратилась к Узбекистану с просьбой о привлечении узбекистанских военно-воздушных сил для ликвидации бандитской группировки. Глава МИД Узбекистана отметил, что никаких целей для бомбардировок на территории Таджикистана не предусматривалось. Во избежание жертв были предприняты меры по эвакуации местных жителей. В связи с тем, что бандитская группа находилась непосредственно на границе Киргизии и Таджикистана, Абдулазиз Камилов не исключил, что самолеты ВВС Узбекистана могли залететь на территорию Таджикистана. «Когда речь идет об акте международного терроризма, мы считаем правильным принятие адекватных мер», – подчеркнул он.
21 августа министр обороны Мырзакан Субанов докладывает премьер-министру Амангельды Муралиеву о том,