В первые несколько месяцев войны Воронов и ГАУ столкнулись с множеством проблем. Во время стремительного отступления летом 1941 года система снабжения Красной Армии оружием и боеприпасами полностью развалилась, войска потеряли много своих баз и складов снабжения. И что еще хуже, последующая вынужденная эвакуация предприятий военной промышленности в более безопасные области в центре и на востоке Советского Союза серьезно затруднила способность ГАУ адекватно снабжать армию.5 В результате к концу лета 1941 года полевые войска Красной Армии испытывали нехватку артиллерийского вооружения и боеприпасов. Эта нехватка была в числе причин, побудивших НКО сократить войсковую структуру армии и урезать нормы расхода для всех типов снабжения.
Воронов энергично занялся этими проблемами. Сначала он реорганизовал ГАУ, разбив его на подчиненные управления, заведующие производством боеприпасов, разработкой и снабжением вооружением, снабжением боеприпасами и организационно-плановой работой. Позднее в войсках была создана сложная и постепенно становившаяся все более эффективной сеть органов поставки и снабжения, целиком подчинявшаяся ГАУ. К концу войны эта сеть состояла из артиллерийских управлений и ремонтно-восстановительных батальонов в составе действующих фронтов, артиллерийских отделов в армиях, организаций артиллерийского снабжения меньшего масштаба в корпусах, дивизиях и полках, а также из огромной сети складов, баз, мастерских и пунктов снабжения боеприпасами, распределенных по всем уровням Красной Армии от фронтов до батальонов.6
К началу 1943 года ГАУ под руководством Воронова справилось со всеми трудностями в снабжении и одновременно повысило эффективность артиллерии Красной Армии и во многих других отношениях. Например, за этот период ГАУ почти утроило производство боеприпасов – с 44 346 до 114 057 вагонов. Несмотря на плохое состояние дорог страны, была создана сложная и действенная система баз снабжения боеприпасами.7 Кроме того, к середине 1943 года под контролем ГАУ были разработаны и приняты на вооружение новые виды артиллерийского оружия, обеспечившие Советам превосходство в артиллерии до самого конца войны. Для проведения научных исследований и проектирования новых видов вооружения при ГАУ был учрежден
Артиллерийский комитет, в который вошли наиболее видные конструкторы артиллерии.
Помимо этого ГАУ надзирало за производством оружия, которым занималось свыше тысячи оружейных заводов, учредило сложную систему полевых складов