Столыпина оппозиционная общественность обвиняла в лояльности и даже в сотрудничестве с самоорганизующимися крайне правыми, тем не менее он решительно пресекал и черносотенные погромы, и выступления «левых» толп. Когда после объявления Манифеста 17 октября начались черносотенные погромы (во многих губерниях, а не только в Саратовской), Столыпин, возвратившись из отпуска, сразу распорядился прекратить погром, продолжавшийся в Саратове уже два дня. Войскам было приказано открыть огонь: 3 погромщика были убиты и 18 ранено. В то же время 16 декабря 1905 года в Саратове с помощью войск был жестоко разогнан революционный митинг (погибло 8 человек). Спустя два дня полиция решительно арестовала членов саратовского Совета рабочих депутатов, действия которого дестабилизировали ситуацию.
В 1904–1905 годах, на фоне растущей революционной стихии и особенно крестьянских выступлений в Саратовской губернии, Столыпин еще более убеждался в необходимости срочного решения аграрной проблемы. Во всеподданнейших отчетах Николаю II он отмечал, что сохранение общины негативно влияет на уклад сельской жизни (это убеждение, возникшее во время работы в западных губерниях, подтверждали и наблюдения в Саратовской губернии). Петр Аркадьевич, высказываясь за принятие мер по переходу крестьян к единоличной собственности, предлагал незамедлительно позволить инициативным крестьянам закреплять за собой надельные земли. Следует также использовать для предоставления крестьянам государственные земли и земли Крестьянского банка. Это необходимо, чтобы «наряду с общиною, где она жизненна, появился бы самостоятельный, зажиточный поселянин, устойчивый представитель земли»15. Столыпин, энергично подавляя революционные выступления, воспринимал это как предпосылку к дальнейшим преобразованиям: «…я свой долг исполню и сохраню порядок и спокойствие, которых властно требует общество для проведения реформ»16.
В Саратове у Столыпина появился и опыт составления политических воззваний к населению, публиковавшихся в губернской печати, – они были призваны тоже способствовать восстановлению порядка. Например, 22 января 1906 года появилось обращение «К сельскому населению» с призывом не верить агитаторам социалистических и революционных организаций, предлагавших захватывать частные земли, выбирать крестьянские комитеты, не платить налогов и сборов и т. д. Угрожая, что власти будут «поступать как с бунтовщиками» с теми, кто последовал призывам к «произволу и насилию», «вступил на путь грабежа»,