Столыпин успешно окончил университет в 1885 году, получив степень кандидата физико-математического факультета. Судя по всему, его привлекала широта образования, которое давалось на этом факультете, – он изучал математику, физику, химию, анатомию, зоологию, ботанику, геологию, агрономию и т. д. Дипломная работа, написанная на последнем курсе, была посвящена экономико-статистическим вопросам разведения табака на юге России. «Восьмидесятник» по своему менталитету, сохранявший консервативность мировоззрения и симпатизирующий идеям славянофилов, он с увлечением изучал естественные науки (нужные и для последующей хозяйственной деятельности как помещика). Столыпин был равнодушен к студенческому «нигилизму» – видимо, уже тогда у него вызывали отторжение оппозиционные настроения и радикализм интеллигенции. Естественно, проблем с полицией у него не возникало, напротив, Петр был зачислен на службу в Министерство внутренних дел еще в 1884 году, до окончания университета (подобное случалось нечасто!). Возможно, сказалась забота о своем зяте Б. А. Нейдгардта, почетного опекуна Московского присутствия Опекунского совета учреждений императрицы Марии Федоровны.
Впрочем, вскоре после окончания университета Столыпин подал прошение о переводе в Министерство государственных имуществ – в департамент земледелия и сельской промышленности. Служба, начатая со скромной должности помощника столоначальника, проходила в статистическом отделе. Доступ к огромному объему статистических материалов, характеризующих развитие экономики и особенно процессы становления «аграрного капитализма», был полезен для формирования экономических воззрений и в будущем подходов к проведению аграрной реформы. Столыпин участвовал в составлении библиографического указателя литературы по развитию сельского хозяйства, изданного в 1887 году, изучал труды ведущих экономистов по аграрному вопросу. Свидетельство положительных оценок работы Столыпина: