Серьезно решив стать лингвистом, Дмитрий Сергеевич пишет работу о воровском языке. Впервые изданная работа «Черты первобытного примитивизма воровской речи» в сборнике «Язык и мышление» [56] вызвала «разгромную» рецензию Михаила Шахновича «Вредная галиматья» в «Ленинградской правде». Но лингвисты Абаев, Быховская и другие отнеслись к работе с интересом – это предотвратило арест. Но попытка Лихачёва поступить в аспирантуру Института речевой культуры закончилась неудачей – помешали партийные власти и отрицательная рецензия М. Шахновича. Критика также заставила Дмитрия Сергеевича прекратить работу в издательстве Академии наук и уехать на отдых в Новгород. Интерес к городу повлиял на выбор его будущей кандидатской диссертации «Новгородские летописные своды XII в.», создание книги «Новгород Великий. Очерк истории культуры Новгорода XI–XII вв.» [44].
Работа Лихачёва над подготовкой к печати курса лекций по древнерусской литературе академика А. С. Орлова в значительной мере определила дальнейшую судьбу Дмитрия Сергеевича. Участие президента Академии наук А. К. Карпинского помогло Дмитрию Сергеевичу снять судимость и остаться в Ленинграде. Научную работу он начал в отделе древнерусской литературы Пушкинского Дома в 1938 году, когда во главе его стояли А. С. Орлов и В. П. Адрианова-Перетц, с которой у Д. С. Лихачёва установились тесные научные и дружеские отношения.
Годы войны были тяжелым испытанием для Дмитрия Сергеевича и всей его семьи. По состоянию здоровья он не был отправлен на фронт и до июня 1942 года оставался в блокадном Ленинграде. Будучи голодным, постоянно замерзая, он не оставлял занятий наукой, проводя исследования, которые приобретали характер антифашистских агитационных брошюр или практических инструкций для бойцов. Это книга «Оборона древнерусских городов», написанная в соавторстве с искусствоведом М. А. Тихановой (1942), статьи «Военное искусство Древней Руси» (1943), «Национально-героические идеи в архитектуре Ленинграда» (1944), «К вопросу о теории русского государства в конце XV и в XVI в.» (1944).
О том периоде Д. С. Лихачёв вспоминал так: «Человеческий мозг умирал последним. Когда переставали действовать руки и ноги, пальцы не застегивали пуговицы, не было сил закрыть рот, кожа темнела и обтягивала зубы, мозг продолжал работать…» [39, с. 490]. Интересно, что «бескомпромиссные противники коммунизма» сегодня пытаются поставить в вину Д. С. Лихачёву написание во время блокады книги «Оборона русских городов» [64]. Эта брошюра раздавалась солдатам