Гонения на Церковь приводили к усилению религиозности среди образованной молодежи. Литературно-философские кружки, существовавшие до 1927 года в Ленинграде, стали приобретать религиозно-философский характер. Д. С. Лихачёв в двадцатые годы посещал кружок Хельфернак («Художественно-литературная, философская и научная академия»), заседания проходили на квартире преподавателя И. М. Андреевского. В 1927 году кружок преобразовали в Братство святого Серафима Саровского. Значительную роль в жизни Дмитрия Сергеевича Лихачёва сыграло участие в кружке «Космическая академия наук». Члены кружка провозглашали принцип «веселой науки» – науки, которая ищет истину, но истину, облеченную в веселые формы. Так выражался протест против политической идеологии, апологии марксизма во всех науках, против наступления тоталитарной уравнительности и нормативизма в культуре.
Свободная философия и религия становились запретными, неофициальными. Результатом участия в кружках стал арест Дмитрия Сергеевича Лихачёва в 1928 году и отправка в Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН), «второй и главный университет» ученого. Помимо создания «контрреволюционной организации» его обвиняли за научный доклад, в котором он критиковал советскую реформу русской орфографии.
Соловецкий монастырь, основанный преподобными Зосимой и Савватием в XIII веке, в 1922 году был закрыт и превращен в лагерь, где отбывали срок до 650 тысяч заключенных, из них 80 % составляли политические ссыльные и «контрреволюционеры».
В лагере будущий академик работал пильщиком, грузчиком, электромонтером, коровником, «вридлом»3, жил в бараке в антисанитарных условиях, умирал от тифа. «Я не мог поверить, что кошмар этот происходит наяву» [39, с. 193]. Перенести трудности помогала молитва, поддержка друзей. Благодаря помощи епископа Виктора (Островидова) и протоирея Николая Писканского, ставшего на Соловках духовным отцом Д. Лихачёва и его товарищей по Братству святого Серафима Саровского, удалось уйти с изнурительных общих работ в Криминологический кабинет, занимавшийся организацией детской колонии. На новой работе появилась возможность много сделать для подростков, проигравших с себя в карты всю одежду, живших в бараках под нарами и обреченных на голодную смерть. В трудколонии будущий ученый анкетировал подростков, изучая язык, «менталитет» воровского мира, русскую криминальную культуру. Из этих записей и наблюдений родились первые научные труды Лихачёва – статья «Картежные игры уголовников», работа «Черты первобытного примитивизма воровской речи» [52].
Укрепив свое общественное положение на Соловках, Дмитрий Сергеевич помогал вывозить из пересыльного пункта многих представителей интеллигенции, обреченных на медленное уничтожение.
В заключении Лихачёв общался с такими людьми, как А. А. Мейер, Ю. Н. Данзас, Г. О. Гордон, П. Ф. Смотрицкий, В. С. Раздольский, А. А. Пешковский, В.