Усердно заботясь о просвещении священников и о борьбе с ересью, Геннадий вместе с тем успешно руководил огромным трудом, который довел до конца. Это был полный новый перевод Старого Завета на церковнославянский язык.
Торжество еретиков продолжалось, к счастью, недолго. Смерть их главы Феодора Курицына, умершего после 1497 года, была для них огромной потерей, так как, несомненно, главным образом он усыплял бдительность Иоанна, уверяя его, что никакого жидовства нет, а есть невинное занятие угадывания судьбы по звездам, к каковому занятию, по естественному стремлению знать свою судьбу, были склонны почти все государи в тот век.
«Звездозаконию бо прилежаху, – говорит Иосиф Волоцкой про Феодора Курицына и протопопа Алексия, – и многим баснотворением и астрологии и чародейству; сего ради мнози к ним уклонишася и погрязоша в глубине отступления».
Затем в 1499 году опала поразила Патрикеевых и их партию. Иоанн охладел к невестке и внуку и примирился с Софией Фоминичной, постоянной горячей ревнительницей православия, которая с сыном Василием поддерживала частые отношения как с Геннадием, так и с Иосифом Волоцким. С возвращением доверия Иоанна Васильевича к жене последняя устроила доступ Иосифу к великому князю, который и без того его высоко чтил. Оставшись с государем наедине, Иосиф стал усердно упрашивать его о принятии строгих мер против еретиков.
«Прости меня, отче, как простили меня митрополит и владыка. Я знал про новгородских еретиков», – сказал Иоанн, каясь, без сомнения, в том, что он взглянул на них слишком легко, полагая, что главным их занятием была астрология. «Мне ли тебя прощать?» – отвечал Иосиф. «Нет, отче, пожалуй, прости меня». – «Государь, – сказал ему на это Иосиф, – если ты подвигнешься на нынешних еретиков, то и за прежних Бог тебе простит». В том же духе действовали на Иоанна и его духовник с митрополитом.
Наконец в конце 1504 года был созван собор на еретиков. Но в нем уже не мог принять участия Геннадий. Дело в том, что в предыдущем, 1503 году был тоже созван церковный собор, на котором участвовал и он, для рассмотрения вопроса о повышении нравственности среди духовенства, вопроса, поднятого самим же Геннадием. Собор этот постановил ряд суровых определений, в числе коих было воспрещение служить вдовым священникам обедню, ввиду того, что они часто вели жизнь недостаточно чистую по их сану, а также запрещение митрополиту, архиепископам и епископам брать за поставление