Вместе с тем Геннадию предписано было производить дальнейший розыск об ереси. Он усердно занялся этим и открыл новых еретиков, причем на покаявшихся накладывал епитимью, а упорствующих отсылал к наместникам для гражданской казни. Все свои розыски о нераскаявшихся еретиках Геннадий направлял в Москву, прося окончательно осудить их, созвав для этого собор. Но на эти просьбы он не получал никакого ответа. Без сомнения, московским жидовствующим духовенством и дьяком Феодором Курицыным дело было выставлено перед великим князем и митрополитом как сильно преувеличенное, а сам Геннадий – беспокойным человеком. Эта московская ослаба послужила большим соблазном для раскаявшихся новгородских еретиков; они побежали в Москву, стали здесь беспрепятственно ходить в церковь и алтарь, а некоторые даже и служить литургию, надругиваясь над святынею. В этом протопоп Дионисий, взятый великим князем в Москву вместе с Алексием из Новгорода, дошел до крайней дерзости: во время богослужения он плясал за престолом и ругался над крестом. Причиной такого надругательства, говорит известный ученый Е. Голубинский в своей «Истории Русской церкви», была «не одна только прямая и простая ненависть к христианству как к вере, но и тот языческий взгляд, существовавший у волхвов (и доселе остающийся у колдунов), что чем сильнее будут оскорбления христианской святыни, тем действеннее будут волхвования».
Между тем умер митрополит Геронтий, и на его место был поставлен тайный последователь жидовствующих – симоновский архимандрит Зосима, человек распутный и пьяный. На это поставление уговорил великого князя пользовавшийся его большим доверием соборный протопоп Алексий, «своими волхвованиями подойде державного, да поставить на престоле святительском скверного сосуда сатанина, его же он напои ядом жидовского».
Таким образом, во главе всей Русской церкви стал жидовствующий митрополит. Опасность была воистину велика.
Как только Зосима сел на митрополичьем столе, он начал сейчас же теснить Геннадия; прежде всего, он потребовал от него исповедания веры. Это прямо означало, что Геннадий подозревался в неправоверии. Конечно, последний отлично понимал, кто строит против него козни, но не только не устрашился своих врагов, а, наоборот, усилил против них свою ревность. Он отказался послать Зосиме свое исповедание, объяснив, что он уже дал его по обычаю, при поставлении в архиепископский сан, и со своей стороны напоминал Зосиме, что последний обещал настаивать перед великим князем о преследовании еретиков и казни их: «Если князь великий того не обещает и не казнит этих людей, то как нам тогда срам