Возвращением его, разумеется, все были довольны, кроме Шемяки. Он очень скоро нарушил свою клятвенную запись и стал вновь строить козни против Василия. Тогда последний отдал рассмотрение этого дела на суд духовенству. Достойные русские пастыри во главе с митрополитом Ионою, человеком великой души и святой жизни, так же беспредельно преданным Русской земле, как и его предшественники, святые митрополиты Петр и Алексий, отправили к Шемяке грозное послание, укоряя его в нарушении установившегося нового порядка престолонаследования и в отсутствии любви к Родине.
Однако Шемяка не послушался увещеваний духовенства, и великий князь должен был выступить против него в 1448 году в поход, после чего Шемяка опять дал на себя проклятую грамоту и опять нарушил ее в следующем же, 1449 году, неожиданно осадив Кострому, где сидел доблестный князь Иван Стрига-Оболенский с Феодором Басенком. Слепой великий князь вновь выступил против Шемяки с войсками, при которых находились также митрополит и епископы. Шемяка смирился опять, написал проклятую грамоту и опять ее нарушил в 1450 году, успев собрать войско против Василия Васильевича. Но ему нанес страшное поражение великокняжеский воевода, князь Василий Оболенский. Тогда Шемяка бежал в Новгород, где ему оказали приют; из Новгорода он кинулся в Устюг и страшно злодействовал над теми, кто не желал ему присягнуть; оттуда, преследуемый великокняжескими войсками, он бежал опять в Новгород, где, наконец, в 1453 году умер, говорят, от яду. Известие о его смерти было встречено с великой радостью как в Москве, так и по всей земле.
«Шемякина смута, – говорит И.Е. Забелин, – послужила не только испытанием для сложившейся уже крепко вокруг Москвы народной тверди, но была главной причиной, почему народное созна ние вдруг быстро потянулось к созданию московского единодержавия и самодержавия. Необузданное самоуправство властолюбцев и корыстолюбцев, которые с особой силой всегда поднимаются во время усобиц и крамол, лучше других способов научило народ дорожить единством власти, уже много раз испытанной в своих качествах на пользу земской тишины и порядка. Василий Темный, человек смирный и добрый, который все случившиеся бедствия больше всего приписывал своим грехам, всегда уступчивый и вообще слабовольный, по окончании смуты, когда все пришло в порядок и успокоилось, стал по-прежнему не только великим князем или старейшиной в князьях, но, помимо своей воли, получил значение государя, т. е. властелина земли, земледержца, как тогда выражались. Шемякина смута, упавшая на землю великими крамолами, разорениями и убийствами, как причина великого земского беспорядка перенесла народные умы к желанию установить порядок строгою и грозною властью, вследствие чего личность великого князя, униженная, оскорбленная и даже ослепленная во время смуты, тотчас после того восстанавливает свой государственный