Между тем пленного великого князя ослепили в Москве и сослали в Углич с женою; мать же, Софью Витовтовну, отослали в Чухлому.
Брат жены великого князя – князь Василий Ярославович Серпуховский – вместе с князем Семеном Оболенским бежали в Литву, где их приняли с честью и дали богатые волости для кормления. Часть бояр Василия убежала в Тверь, другая же присягнула Шемяке, но один из них, доблестный Феодор Басенок, смело объявил, что не будет служить варвару и хищнику, вокняжившемуся в Москве. Шемяка велел его заковать в железо, но Басенок сумел бежать в Литву и соединиться с Василием Ярославовичем Серпуховским и Семеном Оболенским.
Скоро Шемяка должен был убедиться, что все благомыслящее население против него. Опасаясь всеобщего негодования, он не дерзнул послать войска против 6-летнего сына Василия Иоанна и его младшего брата Юрия, находившихся в Муроме с Ряполовскими, а хотел заманить их в свои руки путем коварства. Для этого он призвал всеми уважаемого рязанского епископа Иону и сказал ему: «Поезжай в Муром, свою епископию, и возьми на свою епитрахиль детей великого князя Василия, а я с радостью их пожалую, отца выпущу и вотчину дам достаточную». Владыка поверил этому и отправился в Муром. Здесь князья Ряполовские после краткой думы решили исполнить волю Шемяки, так как они опасались, что иначе он возьмет город приступом. Тогда Иона пошел в церковь, отслужил молебен Богородице, взял детей и привез их Шемяке. Но Шемяка его обманул. Он ласково принял малюток, угостил их обедом, а затем отправил в Углич в заточение вместе с отцом.
Однако у Василия Васильевича осталось, несмотря на свое ослепление и заточение, много верных и преданных слуг. Во главе с доблестным Ряполовским и князем Иваном Стригою-Оболенским они составили заговор, в котором участвовало много детей боярских, причем сговорились сойтись в Угличе в Петров день, чтобы освободить своего природного государя. Хотя освобождение это не удалось, так как Шемяка заблаговременно проведал про их замыслы, но вместе с тем последний испугался этого всеобщего движения в пользу заточенного им Василия и стал думать, что ему делать с ним дальше.
Громче всех против Шемяки говорил Иона, исполнявший в это время обязанности митрополита. Он прямо укорял Шемяку в коварстве и лжи и настойчиво требовал освобождения Василия.
Наконец, видя, что весь народ на стороне несчастного слепца, заточенного в Угличе, Шемяка решил в 1446 году с ним примириться и посадил Василия с семьей на удел в Вологду, что, конечно, было тоже родом заточения, взявши с него клятвенную запись, или так называвшуюся тогда проклятую грамоту, не искать великого княжения. Но, как только Василий прибыл в Вологду, тотчас же его приверженцы кинулись к нему со всех сторон. Вскоре он поехал помолиться в Кирилло-Белозерский монастырь. Игумен этого монастыря Трифон от своего имени и всех старцев прямо объявил Василию, что долг его, завещанный предками и святым чудотворцем Петром,