21 октября 1868 года царь подписал указ о новом положении для киргизов с указанием, что «новое положение высочайше повелено было вводить с 1 января будущаго 1869 года, что оставляло около полутора месяца на предварительныя к тому приготовления» (Середа, VIII, стр. 26). Однако уже в ноябре – декабре 1868 года в степи заработала комиссия по введению положения в жизнь, что позднее было оценено как «первый и самый крупный промах со стороны администрации», ибо поспешность была ничем не оправдана. На руках у комиссии не было ни одной копии положения, только рукописные указания от оренбургской администрации. Киргизы не поверили, что вводимые правила были монаршей волей, и требовали предъявить им типографский документ, потому что «даже и о поимке беглых, укрывающихся в степи, разсылаются по орде печатныя объявления», говорили они (Середа, VIII, стр. 26). Вот и второе разительное сходство с введением нового положения в Уральском казачьем войске.
Так же, как и в УКВ, среди киргизов не было никаких протестов на первом этапе, только вопросы. Не прошло и месяца, как возникли первые затруднения, которые к марту 1869 года переросли в полномасштабный бунт. Причины для возникновения волнений были названы разные. Генерал-губернатор доложил в Петербург, что причинами для восстания были «воры», которые хотят «отстаивать старую жизнь» вопреки собственным интересам, а также «невежество масс, не могущих понять своей пользы, подстрекательства мулл и султанов, терявших своё значение и авторитет со введением нового положения, и всегдашняя готовность к грабежам своего рода «голытьбы», известной под именем «байгушей», из-за куска хлеба готовых на всякую дерзость» (Середа, VIII, стр. 24). Следователи государственной комиссии и исследователи этих событий оставили список других причин: поспешность при введении положения, незнание киргизского языка и обстановки чиновниками, вводившими положение, неразумные пункты нового положения и многие другие, все явившиеся результатом непрофессионализма правительственной комиссии, писавшей положение, оренбургской администрации и Н. А. Крыжановского как руководителя.
Другим сходством с событиями в Уральском казачьем войске были слухи, сопровождавшие введение нового положения, всевозможные «нелепыя толки» о рекрутстве натурою, об обращении киргиз в православие, о чрезмерном увеличении податей, а также атмосфера необыкновенной секретности вокруг