Так, понимание естественной системы как отражения филогенеза делает ее отчасти вторичной относительно последнего. Это переносит методологическую проблематику построения системы с нее самой на построение филогенезов. Оказываются важны не столько принципы построения естественной системы, сколько принципы филогенетических реконструкций, признаки и сходства значимы не сами по себе, а как отражение генеалогических (филогенетических) связей. Центральным является общий метод (принцип, закон) тройного параллелизма между рядами форм в палеонтологической летописи, онтогенезе и систематическом размещении видов; в данном случае в редакции не Агассиса, а Геккеля (42).
Еще Агассис говорил о важности сочетания методов эмбриологии, анатомии и палеонтологии для определения положения вида или иного таксона в классификационной схеме. Но он был далек от эволюционизма, и для него, как и для Кювье, положение таксона в системе означало его место в естественном порядке, в раз и навсегда установленном мироздании. Геккель широко пропагандировал постулированную Агассисом триаду – знаменитый «метод тройного параллелизма». Филогенетические схемы, родословные древа должны строиться на основе сочетания сравнительно-анатомических, сравнительно-эмбриологических и палеонтологических исследований. Эта идей, подогретая личным энтузиазмом Геккеля, захватила современников (80).
Показательна история формирования «филогенетических деревьев». Суть отражения генеалогии рода (вида), преемственности поколений, стала дополняться представлениями о родственных связях других всевозможных видов и родов животных и растений, основанных уже на эволюционной идее, т. е. происходящих одних от других в течение времени.
Так представления о родословном древе органического мира имели столетнюю историю. В 1766 г. последователь К. Линнея немецкий ботаник И. Рюлинг изобразил «естественную систему» растений в виде генеалогического древа. В том же 1766 г. молодой П.С. Паллас писал о том, что наиболее удобно представить систему органических тел в виде древа (а не лестницы!). В 1831 г. Г. Тревиранус (1776 –1834) говорил о происхождении всех живых существ от одного корня и представлял их историческое развитие и систему в виде древа. В 1858 г. Г. Брони изобразил в виде древа систему позвоночных. В 1859 г. Ч. Дарвин опубликовал свою знаменитую схему дихотомически ветвящегося процесса видообразования (80).
Отсюда следует, что иерархическая схема классификации К. Линнея в большей степени способствовала восприятию принципов эволюционизма в дальнейшем, нежели наивный трансформизм Бюффона, Боннэ, Ламарка и Э. Жоффруа Сент-Илера.
Дарвин, сформулировав принцип дивергенции для объяснения возникновения новых видов, не пытался установить