История Лызлова стала первым в России исследованием истории Османской империи и Крыма, османо- и крымско-русских отношений. В создании такой работы Лызлов опередил европейскую (французскую, английскую и венецианскую) историографию, также проявлявшую в то время интерес к Османской империи и собиравшую о ней сведения. Французский король Людовик XIV (1639–1715) издал специальные указы о сборе сведений об Османской империи. Его усилия поддерживали кардинал Ришелье, позднее – Ж. Б. Кольбер. В то время французское посольство в Стамбуле было научным центром, собиравшим турецкие рукописи. Французские дипломаты проходили специальную стажировку, что позволило им стать первыми французскими учеными-востоковедами.
Лызлов в Османской империи и Крымском ханстве не бывал. Но свое исследование он создал на основании максимально возможного тогда привлечения источников и литературы и их критического анализа. Лызлов привел обширный список использованной им отечественной и зарубежной литературы на русском и польском языках, а также латыни. В числе русских источников Лызлов активно пользовался «Степенной книгой» и «Синопсисом», «Историей о великом князе московском» А. М. Курбского. Одним из первых Лызлов применил историографический метод.
Лызлов изучил «Описание Европейской Сарматии» Алессандро Гваньини (1538–1614), но в ряде случаев он отдавал предпочтение «Хронике…» М. Стрыйковского, которой доверял, не учитывая характера изложения событий в летописях, и делал ошибки в датах, именах и фактах.
Отказавшись от компиляции как способа написания текста, Лызлов сопоставлял разные историографические источники, выявлял расхождения в сообщениях и оценках разных авторов, делал отсылки к источникам. Труд Лызлова позволяет судить о высоком уровне исторических знаний в России в конце XVII в. Характер критической работы Лызлова с текстами дает основание говорить о «Скифской истории» как о важном этапе в становлении русской исторической науки и вкладе Лызлова в отечественную историографию. Это было первое в отечественной литературе сочинение, в котором рассматривалась историю тюркских народов.
«Скифскую историю» А. И. Лызлова высоко ценили историки XVIII в.: В. Н. Татищев, Г. Ф. Миллер, П. И. Рычков.
3 ноября 1657 г. для написания