Указом Президії Верховної Ради (далі – ПВР) СРСР від 3 лютого 1941 року зі складу НКВС був виділений наркомат державної безпеки (далі – НКДБ). Шифрувально-дешифрувальна справа перейшла до 5-го відділу НКДБ, начальником якого став майор держбезпеки Копитцев. Для ведення шифролистування у складі НКВС наказом №00198 від 22 лютого 1941 року було організовано 6-е відділення, начальником якого став Солодянніков.
Після початку Вітчизняної війни Указом ПВР СРСР від 20 липня 1941 року НКВС і НКДБ були знов об'єднані в єдиний НКВС. Шифрувально-дешифрувальна справа перейшла до 5-го спецвідділу НКВС, начальником якого став майор держбезпеки Іван Григорович Шевельов, а його заступником – старший майор держбезпеки Копитцев. Спецвідділ станом на 20 травня 1942 року мав за штатом 683 одиниці та складався з 16 відділень, завдання яких були такими:
– 1—8 – дешифрувально-розвідувальна робота закордоном;
– 9 – складання, дослідження та друкування кодів для НКЗС, НКВТ, НКВС, НКО і НКВМФ;
– 10 – складання та друкування блокнотів для НКО, НКВМФ, НКВС, НКЗС, НКВТ;
– 11 – здійснення шифрозв'язку оперативно-чекістських управлінь і відділів НКВС; зашифрування та розшифрування телеграм, облік і постачання шифродокументів периферійним органам НКВС і їх інструктаж щодо шифрроботи;
– 12 – здійснення шифрозв'язку таборів НКВС, прикордонних, внутрішніх і оперативних військ НКВС, Прокуратури, Військової колегії Верховного суду СРСР;
– 13 – здійснення шифрозв'язку закордонної резидентури 1-го Управління НКВС;
– 14 – оперативно-чекістське обслуговування шифрорганів наркоматів і інших установ;
– 15 – перевірка та допуск осіб, що працюють з секретними, мобілізаційними та шифрувальними документами в установах і підприємствах; спецперевірка особового складу, що працюють на особливо режимних підприємствах.
16 лютого 1942 року наказом НКО №0033 РУ ГШ ЧА було реорганізоване в Головне РУ (далі – ГРУ), а 23 вересня наказом НКО №00222 з метою концентрації зусиль щодо «розкриття» шифролистування супротивника дешифрувальна служба ГРУ була передана до 5-го спецвідділу НКВС. 3 листопада наказом НКВС №002424 на базі 5-го спецвідділу, до якого увійшли 7-й відділ (дешифрувальний) 2-го Управління ГРУ та частини спецслужби внутрішніх військ НКВС (радіорозвідка) було утворено 5-е Управління НКВС. Його начальником став старший майор держбезпеки Шевельов, а його заступником – комісар держбезпеки Копитцев.
Ще у квітні-травні 1941 року в криптослужбу НКВС було мобілізовано близько 50 молодих учених з Московського державного університету (далі – МДУ) – математиків і фізиків, а також випускників Військової академії зв'язку. Вони не тільки змогли швидко знайти в ній своє місце, але й привнесли в криптоаналітичну