После ссоры с отцом Андрей покинул свое княжение в Вышгороде. Он прихватил из женского монастыря чудотворную икону Богородицы, привезенную из Константинополя и написанную, по преданию, евангелистом Лукой. Именно эта икона, Владимирская икона Богоматери, обретенная столь неблаговидным образом, стала покровительницей русского оружия, величайшей святыней Северо-Восточной Руси. Андрей ушел во Владимир и с 1157 г. сделал его столицей княжества. Во Владимире по инициативе князя Андрея были построены Успенский собор (1158—1160), укрепления, Золотые ворота, а также княжеский замок в Боголюбово, в 11 километрах от Владимира.
В марте 1169 г. объединенная армия 11 князей под командованием сына Андрея Мстислава захватила Киев и фактически разграбила его. Сын Долгорукого Андрей не стал укрепляться в Киеве: киевский великокняжеский престол утратил большую часть своей прежней притягательности. Роль столицы (четвертой по счету после Старой Ладоги, Новгорода и Киева) переходит к Владимиру.
Стремясь к самовластному, авторитарному правлению, Андрей Боголюбский лишил владений и изгнал в Византию четырех своих братьев, двух племянников и ряд бояр. Напряженными были и отношения с церковными иерархами. Недовольство действиями великого князя и опасение новых репрессий вылились в заговор приближенных. Двадцать человек обманом проникли в спальню князя на втором этаже дворца и нанесли ему множество ударов. После их ухода Андрей смог спуститься по винтовой лестнице и выйти на улицу, но был обнаружен заговорщиками. Как свидетельствует патало-гоанатомическая экспертиза, проведенная во второй половине XX в., потерявшему сознание, истекавшему кровью князю были нанесены десятки ударов мечом, боевым топором или саблей.[6] Впоследствии заговорщиков наказали. По преданию, Всеволод Юрьевич Большое Гнездо велел казнить убийц, а их останки зашить в рогожные мешки и бросить в озеро, которое местные жители называли Поганым.
Андрей погребен в Успенском Владимирском соборе. После революции 1917 г. его останки были переданы во Владимирский краеведческий музей. В 1941 г. антрополог и скульптор M. M. Герасимов воссоздал его портрет, в котором соединены черты христианина Андрея и сына половчанки Китана.
Андрея Боголюбского лишь в начале XVIII в. канонизировали. Ему в заслугу ставят насаждение православия на полуязыческом Севере Руси, учреждение новых церковных праздников, строительство монастырей и церквей, содействие выходу в свет новых литературных произведений. Так, религиозный праздник Спаса (1 августа, 14 августа по новому стилю) был установлен в честь победы над волжскими болгарами[7], которая была одержана в 1164 г., когда Андрей взял с собой в поход Владимирскую икону Божией Матери (икона помогла одержать победу, в честь победы Андрей установил праздник). Любовь к Богу не мешала князю Андрею