Несмотря на то что Марджани хотел продолжать заниматься этим делом, терпеливо снося все трудности, позже между ним, инспекторами и учителями этой школы возникли разногласия, и он был вынужден оставить эту работу. Главной причиной этого было следующее. Марджани считал, что для жизни татарской нации и её развития, для сохранения религии и народа необходимо увеличить число татар, владеющих религиозными знаниями и знающих русский язык. По его мнению, именно эти люди должны служить народу в качестве имамов или учителей. Радлов был солидарен с ним в этом мнении и часто говорил: «Лучший путь для прогресса татар – увеличение числа мулл, хорошо знающих и русский язык». (Эти слова я неоднократно слышал от Фасихутдина-эфенди, работавшего в этой школе учителем религии.)
Воплощая в жизнь эту идею, Марджани старался принимать в школу лишь людей, кроме арабской морфологии и синтаксиса ещё знающих и исламские науки. Он считал, что обучение русскому языку человека, не умеющего ни читать, ни писать по-мусульмански, не знающего ничего об исламе, может стать причиной его отдаления от родного языка и письменности, и поэтому по возможности старался не брать таких людей. Он не ждал ничего хорошего от обучения русскому языку тех, кто не имел представления о своей религии, родном языке и письменности. Часто перед учениками Марджани так высказывался по этому вопросу: «Ислам не против изучения языков других народов и получения образования. Ислам пытается пробудить в людях интерес к различным наукам. Но прежде всего нужно хорошо знать ислам и исправить вероубеждение. Если вера будет крепкой, лишь изучение русского языка не навредит. А вот обучаться только русскому языку, не зная ничего об исламе – дело неподобающее». (Мы многократно слышали эти слова от учеников Марджани.)
В течение нескольких лет после открытия мужской школы для подготовки учителей руководствовались этим правилом Марджани и не принимали учеников, плохо знающих ислам. Марджани было предоставлено право самому выбирать, какие предметы и по каким книгам он будет преподавать в свои часы. Но позже внимание к исламу стали уделять всё меньше и в школу стали принимать тех, кто не умел читать по-татарски и не имел даже начального образования по родному языку и исламу. А мнение Марджани стало отвергаться многими членами учительского состава. Тогда Марджани, должно быть, в качестве практического акта протеста стал преподавать арабские предметы, игнорируя учащихся, не умеющих писать. Они только ходили, следуя за другими. Но такое положение дел не понравилось инспекторам и некоторым учителям. Поэтому они решили, что этот факт, а также преклонный возраст Марджани являются причиной для прекращения его деятельности в школе. Спустя девять лет со дня принятия на работу и за пять лет до своей смерти, весной 1301 х./1884 г., он был отстранён от преподавания. Хоть Марджани и предложил вместо себя кандидатуру своего ученика, наиболее достойного этой должности