После возвращения из Самарканда, Марджани жил в Бухаре пять лет. За это время он обучил множество узбекских, туркменских и татарских шакирдов. Тесно сотрудничал с некоторыми выдающимися медресе Бухары, обменивался с другими людьми мыслями по поводу прочитанных книг, участвовал в некоторых собраниях алимов. Среди тех, с кем общался Марджани, был известный нам дамелла Хусаин Каргали и Низам ад-дин ал-Илхами, которого Марджани уважал больше всех. Именно с ним у него были схожие взгляды и принципы. Этот человек был крайне проницателен, справедлив, любил знания и истину. С Марджани впервые они встретились в Самарканде, а приехав в Бухару, четыре года жили вместе. Их вполне устраивали жизненные позиции друг друга. Среди сборников, написанных Марджани в Бухаре, есть и мысли, услышанные им от Низам ад-дина[32].
По словам одного из родственников Низам ад-дина, Марджани говорил: «Если бы не встреча с Низам ад-дином, моя поездка в Бухару была бы бесполезной». Если Марджани действительно так говорил[33], это могло означать, что он нашёл себе соратника, чьи взгляды и принципы были схожи с его убеждениями. Марджани также рассказывал своим ученикам: «У меня был очень талантливый друг. Мы были довольны друг другом. Но этот друг пропал». Низам ад-дин немного знал медицину, был увлечён физикой, геометрией. Возможно, с Марджани они обменивались мнениями по поводу этих наук. В библиотеке Марджани мы видели книги по физике и геометрии, переписанные его рукой. На их полях были также заметки Марджани.
Вернувшись из Самарканда, Марджани, должно быть, с целью получить такую же пользу, какую получал от собраний Абу Са‘ида, а также послушать разные мнения, выказал старания наладить общение с самыми выдающимися людьми Бухары. Ссылаясь на то, что ему нужна книга или необходимо решить спорный вопрос, Марджани встречался со многими известными личностями. Об этом даже ходили разные рассказы. По словам муллы Насруддин ибн Калимулла ас-Сабаджаййи, однажды, сославшись на какую-то причину, Марджани смог побеседовать с кади Бухары Каланом. Тогда они разговорились на тему вероубеждения, и Калан поведал много интересного об этом. Марджани также высказал своё мнение по этому поводу, да так, что Калан похвалил его знания, сказав: «Да благословит тебя Аллах! Ты похож на надетые тобой чапаны». На тот момент на Марджани было надето два чапана: верхний – довольно простой, и внутренний – очень хороший. Кади Калан своими словами хотел сказать: «А душа твоя лучше наружности».
В последние годы жизни, проведённые в Бухаре, Марджани обучал многих