Марджани достиг того уровня, когда научился смотреть со стороны на распространённые в народе традиции, книги, вероубеждение и трезво оценивать их. Понял, что в религиозных вопросах следует ориентироваться на Коран и хадисы и в последующем был твёрд в этих взглядах и принципах. То, что Марджани пришёл к одному мнению в вопросах веры и вероубеждения, безусловно, является показателем уровня его развития и говорит о зрелости мысли и суждений.
Проведя два года в Самарканде, Марджани решил вернуться в Бухару и взял у кади Абу Са‘ида свидетельство о своей учёной степени. Должно быть, для Марджани было сложно покидать Самарканд, делал он это с большой неохотой. Вот что говорит по этому поводу Садрутдин: «В тот год, когда Марджани был в Самарканде, на деньги одного благотворителя по имени ‘Арифджан-бай там строилось медресе. Часть строительных дел при этом велась под началом кади Абу Са‘ида, и он сказал Марджани: «Оставайся в этом году в Самарканде. После завершения строительства заселение студентов в комнаты медресе будет происходить под моим контролем. Я и тебе выделю там комнату. Позже ты сможешь продать её и на вырученные деньги купить приличную комнату в Бухаре». Марджани согласился с этим, дождался окончания строительства и начал жить в одной из комнат. Но спустя какое-то время у него возник конфликт с одним из преподавателей медресе, и Марджани был вынужден продать комнату и переехать в Бухару. После этого случая Марджани рассказывал: «Если бы не конфликт с этим проклятым учителем, я бы остался в Самарканде, не стал бы возвращаться в Бухару. Для меня Самарканд был очень полезен».
Второй раз в Бухаре. Беседы. Старательность. Занятия историей. Труды в Бухаре. Занятия суфизмом. Как складывалась жизнь
Вернувшись в Бухару, Марджани купил комнату в самом дорогом, красивом и известным своим высоким статусом медресе «Мир-Араб» и стал там жить. Через год к нему приехал брат Садрутдин, и они стали жить вдвоём. В этом медресе Марджани одно лето также был имамом.
Так как в этот приезд в Бухару Марджани уже определился в своих принципах и взглядах, он переехал туда с определёнными целями, и поэтому смог многого добиться.
Приехав в Бухару, Марджани заперся в своей комнате и довольно много времени провёл, читая и исследуя различные произведения. Он получал огромное наслаждение от поисков истины и интеллектуальных занятий. Много часов провёл за книгами, переписал десятки трудов, расширяя свой кругозор и пополняя свою библиотеку.