Продолжением маршрута манильских судов был путь от Акапулько до Перу. За восточные товары в Лиме платили гораздо больше, чем в Мексике. С самого начала король и его советники поняли, что подобная торговля поглощала часть их доходов от добычи перуанского серебра и нарушала монопольное право Испании на торговлю в этом регионе. Королевские указы, запрещающие подобные торговые вояжи, включая использование Акапулько как транзитного пункта, достигнув берегов Америки, не возымели должного действия, так как их умело обходили все заинтересованные лица, включая самого вице-короля. Указ, вступивший в силу в 1589 году, был встречен без особого энтузиазма и явился отправной точкой для процветания контрабандной торговли, поощряя взяточничество и обогащая королевских чиновников, призванных блюсти его исполнение. Китайские товары перегружались с галеонов на другие суда, ожидавшие их прибытия в небольшой бухте Пуэрто-Маркес или даже непосредственно в самой гавани Акапулько, и далее транспортировались в Перу. Другим распространенным видом доставки контрабандных товаров была его выгрузка с галеонов в пустынных портах еще до их прибытия в Акапулько.
Порт Акапулько, 1625 г.
Торговля с Китаем процветала в течение пятидесяти лет, прежде чем были предприняты шаги для защиты Акапулько от врагов Испании. В 1579 году Дрейк даже не пытался взять курс к берегам Акапулько, зная, что манильское судно покинет порт по крайней мере за месяц до того, как он сможет туда добраться. А в 1587 году Кавендиш, курсировавший в пределах видимости города, также понял, что галеон давно покинул порт, и даже если взять его штурмом, там будет мало чем поживиться. Во время плавания Кавендиша 30 октября 1587 года вице-король писал: «У вашего величества нет ни единого орудия (на всем побережье Новой Испании)». Однако из соображений экономии средств никаких шагов для укрепления Акапулько предпринято не было.
Когда в конце 1614 года весть о грядущем появлении голландского пирата Спеилбергена достигла Мексики, там были предприняты лихорадочные попытки построить импровизированный форт для защиты города. Солдат и «добровольцев» согнали со всего королевства