Еще одной гаванью в пределах колониальной провинции Гватемалы был залив Амапала, или залив Фонсека. Внутри залива главным якорным местом для испанских судов был порт Мартин-Лопез, расположенный недалеко от современного портового города Ла-Юнион, находящегося вблизи старого поселения Сан-Мигель. Другим единственным испанским городом недалеко к востоку от берегов залива был Жерес-де-Хулутека. Острова Мингера и Амапала были заселены обращенными в христианство индейскими племенами. Испанские суда довольно часто заходили в залив, чтобы загрузиться смолой, какао и другими товарами для транспортировки в Перу и Мексику. Между портом Мартин-Лопез и городом, который теперь носит название Пуэрто-Моразан в Никарагуа, во избежание длинного сухопутного перехода по болотистым берегам на мулах было хорошо налажено водное сообщение. Несмотря на принадлежность испанской короне, залив Амапала в период с 1684-го по 1721 год широко использовали иностранные суда.
Другим очень важным колониальным морским портом, несмотря на ряд его недостатков, одним из которых была незащищенность бухтой, являлся город Акахутла. Судовая верфь, построенная там в начале 1530-х годов, вскоре начала сдавать свои позиции в пользу верфи Реалейи. Затем порт Акахутла сделался загрузочным пунктом торговых судов, курсировавших между Мексикой и Перу и перевозивших какао (шоколад), который в изобилии рос в окрестностях города. Это был главный тихоокеанский порт всей провинции Гватемала, включая территорию, которая в наши дни носит название Эль-Сальвадор. Вблизи Акахутлы находился испанский город под названием Ла-Сантисима-Тринидад-де-Сонсонат, а в некотором отдалении от него – города Санта-Ана и Сан-Сальвадор. Помимо основного вида деятельности – сбора бобов какао, – довольно большая часть населения занималась натуральным сельским хозяйством и животноводством. Согласно документу, датированному 1562 годом, ежегодно из Акахутлы в Мехико перевозилось 50 000 каргас какао.
Побережье между Амапалой и Гуатулько было лишено защищенных мест для якорной стоянки судов, но недалеко от морских берегов находилось несколько испанских городов, среди которых были Чикимула, Хуэхуэтлан и Теуантепек.
Порт Гуатулько, или Хуатулько, который активно использовали испанцы, был первым морским портом, основанным ими на мексиканском тихоокеанском побережье. Он находился в очень удобном и защищенном заливе, который идеально подходил для судов, используемых в течение всего колониального периода, и был самой лучшей естественной гаванью на протяжении 900 миль между Амапалой и Акапулько, о чем можно найти свидетельство в «Навигационном руководстве» гидрографического общества. Карта гидрографического общества приводит старое название залива Порт-Гуатулько, хотя местные