Вопросами медицинского обслуживания армии, укомплектованием штатов военно-врачебных заведений и снабжением войск медикаментами занималось Главное военно-медицинское управление, возглавляемое главным военно-медицинским инспектором, лейб-медиком двора Е. И. В., тайным советником Н. В. Сперанским. При управлении находилась Военно-медицинская академия, готовившая кадры армейских врачей. Ему непосредственно подчинялись: Завод военно-врачебных заготовлений и окружные медицинские инспекторы со своим штатом.
Военно-учебными заведениями руководило Главное управление военно-учебных заведений. В его ведении находились пехотные и кавалерийские училища, кадетские корпуса, юнкерские училища, школы солдатских детей войск гвардии и т. д. Во главе управления в описываемый период стоял великий князь Константин Константинович[#].
Военным и гражданским управлением казачьих войск занималось Главное управление казачьих войск, возглавляемое генерал-лейтенантом П. О. Нефедовичем. Во время войны ГУКВ иногда выступало в качестве посредника между казачьими войсками и другими главками Военного министерства[#]. При министерстве находилась Императорская Главная квартира ИУК, возглавляемая генерал-адъютантом бароном В. Б. Фредериксом. Она делилась на две основные части: Личный Императорский конвой (во главе с бароном А. Е. Меендорфом) и Военно-походную канцелярию (во главе с флигель-адъютантом графом А. Ф. Гейденом). По Управлению Личным Императорским конвоем командующий ИГК исполнял обязанности и пользовался правами командира дивизии, корпусного командира и командующего военным округом. В период 1-й русской революции Военно-походная канцелярия координировала все карательные экспедиции[#].
Одним из самых больных вопросов для военного ведомства России был бюджет. Ассигнования на армию стали постепенно сокращаться еще со времен окончания войны 1877–1878 гг., а с 90-х годов XIX в. по инициативе министра финансов С. Ю.Витте началось резкое сокращение всех военных расходов. Военный министр П. С. Ванновский получил высочайше возложенное поручение: «Принять безотлагательно меры по уменьшению военных расходов…»[41] Меры были приняты. Если в 1877 г. военные расходы России по отношению ко всем прочим расходам государства составляли 34,6 % и Россия в этом отношении занимала среди европейских стран 2-е место после Англии (38,6 %)[42], то в 1904 г. военные расходы России составляли всего 18,2 % от государственного бюджета[43].
В росписи государственных расходов на 1904 г. Военное министерство, которому было выделено 360 758 092 руб., стояло на 3-м месте после Министерства путей сообщения (473 274 611 руб.) и Министерства финансов (372 122 649 руб.)