В третьей главе, которая называется «Административно-хозяйственная деятельность Военного министерства по обеспечению действующей армии», автор рассматривает работу тех структурных подразделений министерства, которые ведали административно-хозяйственной частью. Во время войны основными направлениями административно-хозяйственной деятельности министерства были снабжение действующей армии оружием, боеприпасами и инженерным имуществом; обеспечение продовольствием и обмундированием, а также организация медицинского обслуживания армии. В соответствии с этим автор рассматривает по очереди работу Главного артиллерийского, Главного инженерного, Главного интендантского и Главного военно-медицинского управлений. Так же, как и в случае с Главным штабом, работа этих управлений изучается применительно к Русско-японской войне и действующей армии, однако автор заостряет внимание и на тех последствиях для общего состояния Вооруженных сил России, к которым привело массовое изъятие для действующей армии неприкосновенных запасов войск, оставшихся на мирном положении.
В монографии нет специальной главы, посвященной деятельности Военного совета министерства. Это объясняется тем, что в описываемый период Военный совет занимался почти исключительно хозяйственными вопросами, поэтому, по мнению автора, работу Военного совета наиболее целесообразно рассматривать без отрыва от административно-хозяйственной деятельности соответствующих главных управлений Военного министерства, что и делается в третьей главе. Кроме того, как во 2-й, так и в 3-й главах автор пытается в контексте деятельности конкретных органов Военного министерства выявить механизм принятия решений, показать изнанку работ управленческого аппарата.
Всякое упоминание о Русско-японской войне тесно связано с именем главнокомандующего А. Н. Куропаткина, но к настоящему времени нет объективной оценки его деятельности ни в историографии, ни в художественной литературе. Автор не ставил перед собой задачи подробно говорить о нем и давать оценку его деятельности, но все же в работе неоднократно затрагиваются вопросы, связанные со взаимоотношениями командования действующей армии с Военным министерством.
Для оценки личности генерала А. Н. Куропаткина требуется отдельное исследование, но автор надеется, что поднятые им вопросы помогут будущему исследователю в его работе.
В монографии нет специального раздела о работе Главного военно-судного управления, поскольку объем его работы в связи с Русско-японской войной был крайне невелик, и основная тяжесть ее легла на военно-судебные органы на местах и в действующей армии. То немногое, что можно сказать о работе ГВСУ, не претендует не только на отдельную главу, но даже на раздел, и поэтому, на наш взгляд, это следует изложить в комментариях. То же самое относится к Главному управлению