Смерть Казимира в 1492 г. снова разрывает и без того шаткую польско-литовскую унию. На литовском великокняжеском столе утверждается по завещанию отца и по решению Рады Александр (1492–1506), а на польском – Ян-Альбрехт. Вскоре после возведения Александра на великое княжение он издал привилей, который знаток истории Великого княжества Литовского А.Е. Пресняков положил в основу грани двух периодов в истории литовско-русского государства. Привилей 1492 г. сводил на нет активную личную роль монарха. Великий князь превращался в должностное лицо, стоящее во главе учреждения – Рады. Привилей значительно усилил панов-раду – наиболее богатых и влиятельных представителей знати, ведущих свое происхождение от старолитовских бояр.
Князь Александр должен был искать опору, поскольку внешнеполитическое положение государства становилось все более сложным. Еще при жизни Казимира началась затяжная война с Московским государством (1487=1494). Более интенсивная война приходится на 1500–1503 гг. Накануне и в ходе войны к Москве стали присоединяться верховские (по верхней Оке) и чернигово-северские княжества.
Смерть в 1501 г. короля Яна-Альбрехта снова поставила вопрос о польско-литовских отношениях. Александр стал польским королем и Мельницким договором вроде бы вновь подтвердил унию. То, что и уния 1501 г. не была полноценной, подтверждает ситуация, возникшая после смерти в 1506 г. Александра. Собравшийся в Вильне съезд литовской и русской знати избрал без предварительного соглашения с поляками младшего сына Казимира – Сигизмунда Первого (Старого) (1506–1548). Полякам ничего не оставалось делать, как и самим избрать Сигизмунда на королевский престол.
После шестилетнего перемирия, заключенного в 1503 г., возобновилась война с Москвой, а в 1508 г. положение осложнило восстание Михаила Глинского. Глинский, чье богатство держалось на близости с Александром, лишился всего в правление нового великого князя. Это был мятеж знати, не поддержанный народом и державшийся на родственных связях самого «героя».
После войны 1507–1508 гг. Великое княжество довольно быстро восстановилось. Но дальше его ждали еще более серьезные испытания. Хотя в новой войне войско Великого княжества одержало блестящую победу над российским войском под Оршей (8 сентября 1514 г.), но перевес явно был на московской стороне. В 1514 году был захвачен Смоленск. К тому же постоянно беспокоили своими набегами крымские татары, а Польша не могла оказать должной помощи, будучи скованной войной с Тевтонским орденом.
Во время правления Сигизмунда усиливается интеграция знати литовских и русских земель, да и само ее значение, свидетельством чего было зарождение