Гарантию против произвола монарха Семен Ефимович видел в создании представительного органа – сената. Хотя он и не был сторонником широкого народного представительства (предлагал высокий имущественный ценз), однако выступал против преимуществ дворянства и духовенства в сенате. Таким образом, к управлению государством были бы привлечены представители разных сословий, имевшие равное право голоса. Сенат предполагалось наделить широкими полномочиями для решения важнейших государственных вопросов.
Проектируя организацию судительной (судебной) власти, Десницкий предлагал рассредоточить ее по России, что связано с обширностью территорий и должно было, по его мнению, способствовать более быстрому рассмотрению дел и укреплению законности в стране.
Ученый предлагал и гражданские, и уголовные дела рассматривать публично. Он первым указал на воспитательное значение гласного судопроизводства. Выступал не только за справедливый, независимый и гласный суд, но и за равноправие, соответствующее доле каждого в строительстве отечества.
С.Е. Десницкий предлагал ввести суд присяжных, равный для всех сословий; выдвинул принцип несменяемости судей, подготовке которых он уделял большое внимание.
Десницкий стремился поставить в определенные рамки и право монарха назначать судей. Во второй половине XVIII века, когда суд в России не был отделен от администрации и всюду процветал административный произвол, когда законы издавались единолично монархом, предложения ученого имели большое прогрессивное значение.
«Наказательная» власть (исполнительная), по его мнению, должна была осуществлять приговоры суда, не выходя за их пределы. Во главе наказательной власти должен был стоять монарх, который назначал воевод. К этой ветви власти относился сыск, борьба с преступностью – наблюдение «спокойствия и тишины», поддержание порядка в городах, сбор налогов и пошлины, обеспечение пожарной охраны и тюрем. А чтобы не допустить произвола губернских и городских воевод, за соблюдением законности призваны