В то время господствующей в российских учебных заведениях была немецкая школа правоведения. Несмотря на определенные научные заслуги, ее представители, не знавшие ни русского языка, ни реалий российской жизни, вели преподавание схоластически и были непонятны и чужды студентам. Естественно, что в таких условиях российская молодежь не слишком интересовалась изучением права.
Возвращение из заграничной поездки стипендиатов стало важным событием в жизни Московского университета. После успешного экзамена Десницкому было разрешено прочесть пробные лекции на определенную тему, утвержденную университетской конференцией. И только после этого ученому доверили читать студентам факультета курс римского права применительно к русским законам.
Напомним, что в то время лекции читались на латыни, и предполагалось сохранить эту практику, удобную для иностранных профессоров, плохо знавших русский язык. Десницкий стал добиваться права читать на русском языке, но столкнулся с противодействием со стороны руководства. Разрешила конфликт императрица, проявившая и в этом вопросе свойственную ей дальновидность. Это было одно из важнейших событий культурной жизни России, так как делало науку доступной не только для избранных, но и для широких слоев населения.
С.Е. Десницкий оставил глубокий след в истории русского права своей просветительской и преподавательской деятельностью. Он выступал перед студентами и на публичных собраниях. В своих лекциях предполагал знакомить слушателей не только с римским, но и русским правом. Поскольку русское право еще не было достаточно разработано, многие указы не публиковались и сохранялись в тайне, задача эта была непростая. Однако молодому ученому удалось с ней справиться, что по достоинству было оценено. В 1768 г. ему присвоили звание экстраординарного профессора, которое предоставляло право принимать участие в заседаниях университетской конференции (прообраза ученого совета), а спустя 6 лет он стал ординарным профессором. В конце 60-х годов XVIII века из 14 профессоров университета уже 7 были русскими. Среди них и С.Е. Десницкий.
С первых же дней своей профессорской деятельности Десницкий высказался за реформирование той юридической науки, которая преобладала в преподавании как на Западе, так и в России. Во время своего вступления на кафедру он произнес речь «О прямом и ближайшем способе к научению юриспруденции», которая стала программой научной разработки права и его университетского преподавания. В ней были определены задачи юридических исследований; даны примеры научной разработки конкретных правовых вопросов. В ряде замечаний ученый критиковал современную ему немецкую юриспруденцию. Десницкий предполагал создать в России новое поколение образованных юристов, разрушить существовавшее предубеждение в отношении правоведения. Его очень огорчало