В конце июля супруга Нея, оставшаяся в Париже, сообщила мужу, что ему грозит арест. Тогда маршал скрылся у своей родственницы, мадам де Бессони, в укромном замке, находящемся на краю Канталя, в департаменте Ло. Накануне ареста Ней был совершенно спокоен, то ли надеясь, что его не найдут, то ли уже испытывая безразличие к собственной судьбе.
2 августа один из местных жителей написал префекту Локару, что некий человек, очень похожий на маршала Нея, находится на территории департамента. Несколько жандармов были посланы в замок Бессони. Маршал не пытался бежать, а на предложение одного из жандармов, что он закроет глаза на его бегство, решительно заявил: «Если бы я был свободен, то за это я бы вас расстрелял! Я же дал слово!»
19 августа Нея привезли в Париж и заключили в тюрьму Консьержери. Маршал отрицал компетенцию военного суда в своем деле и требовал передачи его в палату пэров. Военный министр Сен-Сир сформировал специальный суд, в который вошли маршалы Монсей (председатель), Ожеро, Массена и Мортье. Но они делали все, чтобы уклониться от этой сомнительной чести. Мортье заявил, что он скорее уйдет в отставку, чем будет участвовать в суде, Массена – что у него с Неем существует личный конфликт, а Ожеро сказался больным. Монсей же написал письмо королю, в котором заявил, что не будет судить героя отступления из Москвы, которого столь почитает. За такую дерзость Бон Андре Жанно де Монсея посадили на три месяца под арест, что избавило его от необходимости участвовать в суде над Неем. Трех других маршалов все же заставили сделать это, а Монсея заменил более покладистый маршал Жан Батист Журдан. Они удовлетворили просьбу Нея передать его дело на рассмотрение палаты пэров. Впоследствии маршалы об этом пожалели. На смертном одре маршал Пьер-Франсуа-Шарль Ожеро восклицал: «Мы трусы. Мы должны были настоять на своем праве, чтобы спасти его от самого себя».
В палате же из 160 пэров только молодой герцог де Брольи счел Нея невиновным. 139 проголосовали за немедленную смертную казнь без права апелляции. Начавшийся 4 декабря 1815 года суд над Неем продолжался всего лишь два дня и завершился вынесением ему смертного приговора 6 декабря. Председательствующий Дамбрэ отводил вопросы, ответы на которые могли принести пользу подсудимому. Дамбрэ, в частности, запретил маршалу Даву отвечать на вопрос относительно интерпретации статьи XII Конвенции о капитуляции французских войск. Если бы Даву заявил о том, что поведение Нея явно относится к числу деяний, покрываемых амнистией, которая провозглашалась в этой статье, обвинение потеряло бы всякую