Но Иоффе все еще хотел заниматься чистой физикой и поэтому осенью баллотировался в профессора университета, где учебная нагрузка была гораздо меньше (физику в Политехнике, в отличие от университета, изучали все). На должность ординарного профессора физики университета был избран «свой» В.С. Рождественский. Еще одним профессором на специально для этого разделяемой кафедре (немца) Боргмана должны были избрать Иоффе – но провалили его. Как однажды признавался Иоффе, здесь проявились и признаки шовинизма – но не того, о котором может предположить читатель. Иоффе считали «немцем»: физиком стал в Германии, разделял немецкие принципы научной работы и не проклинал своих немецких учителей во время великой войны 1914-1918 годов.
Откуда есть пошла советская физика. Научный семинар А.Ф. Иоффе (1916 г.). Сидят (слева направо) П.Л. Капица, Я.И. Френкель, Н.Н. Семенов, К.Ф. Нестурх, П.И. Лукирский, И.К. Бобр, М.В. Миловидова-Кирпичева; стоят: Я.Р. Шмидт, Н.И. Добронравов, А.П. Ющенко, Я.Г. Дорфман, А.Ф Иоффе.
Неизбрание Иоффе в профессора университета, не могло не бросить тень на его отношения с Рождественским, хотя тот огорчился даже больше, чем сам Иоффе.
Техника, от которой А.Ф. отказался «навсегда» в 1902 году в пользу физики, еще раз (после того, как его провели в профессора в Политехнике благодаря его инженерному образованию) призывала его к себе.
По словам академика И.В. Обреимова [Восп72]: «после неизбрания А.Ф. Иоффе в университет он прочно связал свою судьбу с Политехническим институтом».
Летом в 1916-1917 годах А.Ф. встречался в Крыму с С.П. ТимошенкоК68. Они задумали и разработали программу нового факультета в Политехническом.
«Идея нового факультета в противовес университету состояла в следующем: в университете физика существует в окружении астрономии, математики, биологии, геологии, метеорологии (кстати, все они относились в Академии Наук к физико-математическому отделению) и еще более далеких гуманитарных наук.
Естественно было организовать физико-механический факультет внутри Политехнического института, по соседству с электротехникой, радиотехникой, механикой, гидромеханикой, металлургией, кораблестроением, причем с двумя направлениями: физика и – вместо математики – механика в ее современном направлении, а не в том, которое существовало в университете».
Физическую часть программы разработал Иоффе, механическую – Тимошенко. Они собирались проводить ее в жизнь. Но тут случилась февральская революция, а потом и октябрьский переворот