Для координации работ всех отделов нужен был президент нового института, которым должен был стать, по мысли «патриота» Неменова, директор Женского медицинского Б.В. ВерховскийК77.
Но потом оказалось, что у Верховского и Неменова разные взгляды на институт, в том числе и на руководителя физико-технического отделаК78. Неменов видел на этом посту любимого ученика Рентгена – А.Ф. Иоффе, а не предложенного Верховским Лазарева.
Верховский тянул с организацией института. После срыва ряда совещаний, 23 сентября, в заседании малой областной комиссии Наркомпрос поручил организацию физико-технического отдела профессору Иоффе. В назначенный день заседания Совета физико-технического отдела Наркомпрос уезжал в Москву. Неменов поймал Луначарского в купе задержавшегося поезда. Там нарком и подписал бумагу, в которой Иоффе уполномочивался организовать Совет физико-технического отдела. 29 сентября, на час позже запланированного, Неменов добрался до Политехнического, где собравшиеся будущие члены Совета: Чернышев, Шателен, Коловрат-Червинский, Рождественский, Н.Г. Егоров (рекомендовавший Иоффе Рентгену 15 лет назад) уже готовы были разойтись. Бумага была доложена, и Совет состоялся. 29 сентября 1918 года считается днем основания знаменитого впоследствии ленинградского Физико-технического института.
По положению об институте он должен был состоять из четырех отделов: Медико-биологического (Неменов), оптического (Рождественский), физико-технического (Иоффе) и радиевого (Коловрат-Червинский). Последнего, проведшего пять лет в лаборатории Кюри, Неменов считал единственным специалистом по радию в России (ни Вернадского, ни Хлопина он такими не считал).
24 октября 1918 года Наркомпрос предложил профессору Иоффе принять все дела, касающиеся организации Рентгенологического и Радиологического Института от директора Женского Медицинского Института.
Быть даже в косвенном подчинении у Иоффе Рождественский не хотел и решил выделить оптический отдел в отдельный институт – он считал, что очки для правительства и бинокли для армии и флота являются не менее важными для нового государства, чем рентгенография: деньги для этого найдут. Такой уверенности относительно физических исследований даже с применением рентгеновских лучей у Иоффе не было, поэтому вопрос об отдельном институте тогда не возник.
Объединенный Совет медико-биологического и физико-технического отделов принял разработанный Неменовым устав института. Задачами института являлись: изучение природы рентгеновских лучей и радия; изучение их действия на человеческие, животные и растительные организмы; применение рентгеновских лучей и радия для исследования и лечения; преподавание рентгенологии.
По уставу института во главе его стоял президент, один из заведующих отделами, которые чередовались ежегодно. На 1919 год избрали президентом Иоффе, в 1920 году в должность вступил Неменов. Радиевый отдел особой активности не проявлял, а после внезапной смерти Коловрат-Червинского