Благодаря заступничеству профессуры Яковлева вернули в Московский университет, который, несмотря на все перипетии, он благополучно окончил в 1900 г., удостоившись диплома первой степени[281]. Впоследствии он не принимал активного участия в общественно-политической жизни страны, хотя и отличался самостоятельными взглядами. После окончания университета перед ним встал выбор: начать карьеру ученого или посвятить себя другому делу. В.О. Ключевский настоятельно рекомендовал оставить его при факультете для подготовки к профессорскому званию. Свою поддержку выразил отец, обещав всячески помогать сыну в первое, самое трудное время начала его профессиональной научной деятельности: «Я с своей стороны считаю за лучшее остаться тебе при университете, у Ключевского, и с своей стороны готов высылать тебе ежемесячно до 60–65 рублей, только бы ты занимался и поскорее выдержал магистерский экзамен»[282].
Получив поддержку, молодой историк в течение трех лет готовился к магистерским экзаменам, которые он успешно сдал к 1904 г. После чтения пробных лекций его пригласили работать в Московский университет на должность приват-доцента. Началось время активной педагогической и научной работы. В университете он вел курсы по историографии и методологии истории, а также ряд отдельных семинаров, например, по истории крестьянства в XIX в.[283]. Интерес к теоретическим вопросам исторического познания выразился в том, что молодой историк начал писать фундаментальное методологическое исследование под названием «Эгерсис». Работу над этим исследованием ученый не прекращал на протяжении практически всей своей жизни.
Большой интерес представляет его историографический курс. В личном архивном фонде историка остались программы и планы его семинариев по русской историографии, проведенных в Московском университете в октябре 1907 г.[284]. Кроме того, сохранились лекции,