В Москве, по рекомендации друга своего отца, А.П. Покровского, Яковлев был представлен И.Д. Цветаеву, который взял его под покровительство[258]. Благодаря знакомству с Цветаевым Яковлев стал вхож в круги московской интеллектуальной элиты, сохранив со своим покровителем хорошие отношения до его смерти.
В Московском университете начинающий историк попал в неповторимую атмосферу. Лекции по русской истории продолжал читать В.О. Ключевский. В своих воспоминаниях о великом историке Яковлев писал: «В аудитории не особенно людной (налицо было тогда 50-т человек) идет обычный гомон, разговоры, беготня, перекидывание замечаниями и шутками. Но вот наступает положенная лекция в 12.20, дверь открывается и в аудиторию входит согнутая фигура невысокого худощавого человека в виц-мундире, с сединой в гладко причесанных волосах, зачесанных слева на право, и в жиденькой бороде. Под мышкой у старичка огромный портфель нагруженный записками, тетрадями, листочками, книгами, брошюрами, рукописями. Аудитория сразу стихала. Поднявшись на кафедру, Василий Осипович сначала протирает свои очки, а затем погружается на несколько секунд в просматривание своих вынутых из портфеля листков и потом начинает свое изложение. Аудитория замирает на 50 минут (В[асилий] О[сипович] всегда первую лекцию прочитывал). В течение которых звучит его спокойная, отчетливая, прозрачная как хрусталь, грамматически безукоризненная речь, про которую говориться „будет просто, когда поработаешь со сто“. Ни одного небрежного, грубого, вычурного неуклюжего оборота: спокойная, отчетливая, обдуманная, взвешенная, отдыхающая простота, разворачивающая пред зрителями одну картину за другой. Речь В[асилия] О[сиповича] пленяла своей изумительностью оценки, отсутствием в ней всякого лишнего слова, той художественной простотой»[259]. Начинающий историк оказался полностью очарован исторической схемой Ключевского, в общем-то, следуя ей на протяжении всей своей жизни. В своих воспоминаниях Бахрушин по этому поводу замечал: «Талантливый и яркий А.И. Яковлев, сверкавший оригинальностью и творческой гениальностью своих суждений, всегда умевший подходить к любому вопросу со своей, всегда тонкой и глубокой точки зрения, и тот говорил мне по поводу попыток некоторых приват-доцентов вносить „поправки“ в схему Василия Осиповича, что для него непонятно: „Надо либо целиком ее принимать как она есть, либо строить курс по совершенно новому плану, как сделал Милюков“»[260].
Именно под руководством Ключевского Яковлев еще на первом курсе написал первое самостоятельное историческое исследование – «Вопрос о крепостных крестьянах в „Комиссии для сочинения проекта нового уложения“ 1767–1768 гг.»[261]. Начинающий историк остановился на этой проблеме из-за ее слабой изученности, а также актуальности самого крестьянского вопроса. В своей работе он стремился рассмотреть три аспекта: 1) «как смотрело правительство на крепостное право»; 2) «как смотрели на крепостное