Резко была усилена координирующая роль лаборатории № 2 Курчатова. В рамках Атомного проекта возникали специальные правительственные организации. Постановлением Государственного комитета обороны от 20 августа 1945 г. создавался Специальный комитет с чрезвычайными полномочиями для решения любых проблем Уранового проекта.
В его первый состав вошли:
Л.П. Берия – председатель;
М.Г. Первухин – зам. председателя Совнаркома СССР;
Н.А. Вознесенский – председатель Госплана;
Г.М. Маленков – секретарь ЦК КПСС;
Б.Л. Ванников – нарком боеприпасов;
М.А. Махнев – секретарь Специального комитета;
П.Л. Капица – академик, директор Института физических проблем АН СССР;
И.В. Курчатов – начальник лаборатории № 2 АН СССР, научный руководитель проблемы.
Начали работу организованные при Специальном комитете Технический и Инженерно-технический советы (председатели – Б.Л. Ванников и М.Г. Первухин). Из США и Великобритании приходили первоклассные разведывательные данные, в том числе – от пацифиста и коммуниста Клауса Фукса.
Вскоре были выбраны промышленные площадки для строительства Плутониевого комбината и завода по получению обогащенного урана. Решение Атомной Проблемы становилось жизненно важным для мирного будущего страны. Данные разведки о работах в США позволили параллельно вести подготовку к вводу в действие первого исследовательского ядерного реактора Ф-1 и начать строительство на Урале промышленного реактора для наработки плутония.
30 августа 1945 года было образовано Первое главное управление при Совете Народных Комиссаров (ПГУ) для повседневного руководства организацией атомной промышленности, координации всех ведущихся в стране научно-технических и инженерных разработок. В подчинение ПГУ кроме лаборатории № 2 были переданы завод № 12 Наркомата боеприпасов в Электростали; проектный институт ГСПИ-11 в Ленинграде, машиностроительный завод № 48 в Москве; комбинат № 6 по добыче урановой руды в Таджикистане, а также один из институтов НКВД, который затем реорганизовали в Институт специальных металлов, НИИ-9 НКВД СССР.
1 декабря 1945 года принимается постановление о строительстве диффузионного завода около поселка Верх-Нейвинский на Северном Урале для получения обогащенного U-235.
В начале 1946 года Юлий Борисович Харитон и Павел Михайлович Зернов (тогда еще заместитель министра транспортного машиностроения) выбрали площадку под строительство филиала лаборатории № 2 – исследовательского комплекса для конструирования ядерного оружия около Арзамаса. В лесном поселке Сарова до революции существовал один из крупнейших мужских монастырей России – Саровская пустынь, знаменитая преподобным