Бұл жайлы хабарды Темір Батыс Иранда, Шираз қаласында естіді. Енді үлкен соғыссыз бітпейтіні анық болды. 1388 жылы ақпанда Темір өзінің атты әскерінің 3 түменін Самарқандты қорғауға жібереді, артынша өзі де Мәуереннахрға қайтады. Шегініп бара жатқан ордалықтарды қуып отырып ол Хорезмге енеді. Облыстың астанасы Үргенішті жермен-жексен етеді.
Тоқтамыс 1388 жылы қыста Орта Азияға жаңа жорығын бастайды. Сырдариядан алыс емес жердегі Сауран қаласы маңында шайқас болып, Тоқтамыс жеңіледі. 1389 жылы көктемде Темір Ақ Орда жеріне енді, бірақ Тоқтамыс шайқасты қабылдамай далаға кетті. Маңызды шайқас кейінге қалды.
1388-1389 жылдары сәтсіз істер Тоқтамыс жерінде шиеленіс тудырды. Никоновтық жылнамаларда Мәскеуге қашып келіп, ұлы князьға қызметке орналасқан бірнеше татар князьдары жайлы айтылады. Тоқтамыстың литовтық ұлы князь Ягайлға жазған жарлығында ордалық оғландардың оған қарсы ұйымдасқандары туралы айтады. Шамамен осы уақыттарда Темірге әкесін хан бұйрығымен өлтіргенін ұмытпаған, Тоқтамыстың қас жауына айналған әмір Едіге қашып келеді.
Істің былай өзгеруінен қорыққан Тоқтамыс Темірмен ең басты шайқасты кейінгі жақсы уақыттарға қалдыруға тырысты, ал Темір керісінше шешімді әрекеттерге көшуге бет алды. Екі жақтың арасында жолдаулар жүрді. Тоқтамыс сыйлықпен бірге қосқан жолдауын жасағанына өкініп, әкесі орнына қойған Темірден кешірім сұраса, Темір алтынордалық ханға сенімсіздігін білдірді. 1391 жылы қыста Темір Алтын Ордаға маңызды жорыққа аттанды. Жорық ақпанда Самарқандтан Ташкент арқылы Отырарға барудан басталды, ал Сарайда бұл жайлы сәуірде екі қашқын нөкерден хабардар болды. Тез арада дисколация жері ретінде Тоқтамыс Жайықты белгілеген әскердің жиналуы нәтиже бермеді (әскердің маңызды бөлігі Бұлғар, Азактан және басқа жерден келетін әскерлер аталған жерге келіп үлгермеді). 1391 жылы шілдеде екі қарсылас өз әскерлерімен Самара өзені бойына жетті.
Темір өз әдісінде ұлы Шыңғыс ханның өсиетін пайдаланып, өз отрядтарын облавамен жіберіп отырды. Темір соғыстың аяқталуына асықты. 1391 жылы 18 шілдеде Қондыршы өзені бойында (қазіргі Самара облысы территориясындағы) Тоқтамысты басты шайқасқа шығарып, орда ханының әскері жеңіліс тапты.
Бірақ бұл Тоқтамыстың әскери-саяси ісінің өлгенін білдірмеді және оның Темірге қарсы тұратын күші әлі де болса жеткілікті еді. Темір бай олжа алып, (ортағасырлық тарихшылардың айтуы бойынша Темірдің жеке өзіне-ақ 5000 жас құл тиді) Сарай тағын Темір-Құтлық қолына қалдырып, Орал-Каспий даласы арқылы Самарқандқа оралды. Алайда батыс ұлыстардан жаңа әскер жинаған Тоқтамыс 1391 жылдың күзінде-ақ ТемірҚұтлықты Сарайдан қуып шығады. 1393 жылдың басында Алтын Орданың айтарлықтай бүкіл аумағы заңды хан құқығында Сарайда өз атымен монеталар шығарған Тоқтамысқа бағынды. Бұл уақытта Тоқтамыс қамындағы