В апреле 1942 г. он – командующий ВВС Западного фронта, а с июня – командующий 6-й воздушной армией. Соединения его армии прикрывали и поддерживали войска Северо-Западного фронта, активно противодействовали попыткам транспортной авиации врага снабжать свою группировку. По воспоминаниям фронтового лётчика Н. Д. Костина: «На Северо-Западном фронте генерал Кондратюк показал себя человеком творческого горения. Умело направлял работу штабов по обобщению и внедрению в практику истребителей, бомбардировщиков и штурмовиков передового опыта. По его инициативе были разработаны и использованы в боевых действиях авиасоединений и авиачастей 6-й воздушной армии важные руководства: “Организация управления авиации над полем боя”, “Методы борьбы с транспортной авиацией противника”».
Тем не менее уже в январе 1943 г. Даниила Фёдоровича переводят в Москву начальником Главного управления боевой подготовки фронтовой авиации – заместителем командующего ВВС Красной Армии. Через год (февраль 1944 г.) его назначают командующим ВВС Южно-Уральского военного округа, затем Кубанского и Приволжского военных округов. В апреле 1949 г. он – командующий 29-й воздушной армией, с февраля 1951 г. – командующий 48-й воздушной армией. С июля 1953 г. генерал-лейтенант авиации (1943 г.) Кондратюк в отставке. Ему 57 лет.
В 1943 г. Фёдор Петрович Полынин сменил на должности командующего 6-й воздушной армией Кондратюка. Встретив войну командиром 13-й бомбардировочной авиадивизии, он уже в августе 1941 г. был назначен командующим ВВС Брянского фронта. По воспоминаниям Фёдора Петровича, этот период войны был для него одним из самых тяжёлых как в физическом, так и в моральном плане. На Брянском фронте он постоянно получал всё новые и новые приказы, порой противоречащие друг другу. Авиация противника господствовала в воздухе, своих истребителей едва хватало, чтобы прикрывать свои штурмовики и аэродромы. Малочисленные авиасоединения буквально разрывали на части.
С мая 1942 г. Полынин – заместитель командующего 2-й, а с сентября – 6-й воздушных армий. Под его командованием 6-я воздушная армия прикрывала и поддерживала войска Северо-Западного фронта в боях в районе г. Демянска, осуществляла воздушную блокаду окружённой здесь группировки противника, частью сил в октябре 1943 г. содействовала наступлению войск Калининского фронта в районе г. Невеля. Затем два месяца (декабрь, январь) находилась в резерве Ставки ВГК. А с февраля 1944 г. в составе 2-го Белорусского фронта она поддерживала наступление войск фронта на Ковельском направлении, принимала участие в Полесской наступательной операции.
В апреле 1944 г. 6-я армия вошла в состав 1-го Белорусского фронта и участвовала в Берлинской стратегической наступательной операции, в освобождении Белоруссии, восточной части Польши, форсировании р. Вислы и захвате магнушевского и пулавского плацдармов, освобождении гг. Демблин и Люблин.
Следует отметить, что генерал Полынин воевал добросовестно и умело. Об этом говорят