Зі встановленням радянської влади в Україні почалась ідеологічна «переоцінка» культури. Мистецтвознавці змушені були відстоювати існування чи не кожної історичної пам’ятки та перешкоджати вивезенню за кордон цінних експонатів. Особливо дісталось церквам та соборам.
У Києві було заплановано створення нового урядового кварталу. Замість ансамблю собору Софії Київської, Михайлівського Золотоверхого монастиря та Трьохсвятительської церкви влада вирішила спорудити будівлі Раднаркому і ЦК КП(б)У, а посередині поставити пам’ятник вождю революції – Леніну.
Для оцінки проектів скликали спеціальну комісію, до якої запросили відомого мистецтвознавця Миколу Макаренка. Він розкритикував «ліквідаційний план» і написав телеграму особисто Сталіну, аби захистити культові споруди.
Разом із вченими, завідувачами музеїв та архівів, художниками та істориками він звернувся з листом-протестом до Раднаркому УРСР. Кожен з підписантів отримав відповідь з вимогою відкликати підпис і заспокоїтись. Макаренко відмовився мовчати, і за два роки його заарештували фактично за відмову ставити підпис під актом про знесення Михайлівського Золотоверхого собору: «за контрреволюционную деятельность, выразившуюся в противопоставлении проводимым мероприятиям».
Упродовж трьох років заслання у Казані Макаренко не кидав справу всього свого життя: консультував Центральний історичний музей, викладав у художньому технікумі та стежив за новинами з Києва. У 1936 році його знову заарештовували за «принадлежность к контрреволюционной фашистски настроенной группе, систематическом проведении антисоветской агитации среди коллег и студентов» і вислали на три роки до Томської виправно-трудової колонії № 2. 15 грудня 1937 року – знову арешт і страшний вирок.
4 січня 1938 року Миколу Макаренка стратили у таборі. Місце поховання невідоме. Реабілітований у 1965 році.
Бугрим Валентин. Микола Макаренко і брати Реріхи. Режим доступу: https://goo.gl/TEB6ON
Висока доля Миколи Макаренка // Кримська світлиця. – 2007. – 28 грудня. Режим доступу: https://goo.gl/FEUuXw
Єфремова Валентина. Микола Омелянович Макаренко. Режим доступу: https:// goo.gl/ws5jsj
История археологии: личности и школы: Материалы Международной научной конференции к 160-летию со дня рождения В. В. Хвойки (Киев (5–8.10.2010)). – СПб: Нестор-История, 2011. Режим доступу: https://goo.gl/dC9WdV
Макаренко Микола. Орнаментація української книжки 16–17 століть. – К., 1926. Режим доступу: https://goo.gl/TmfpJW
Макаренко Николай Емельянович (1877–1938) // Люди и судьбы. Биобиблиографический словарь востоковедов – жертв политического террора в советский период (1917–1991). – СПб, 2003. Режим доступу: https://goo.gl/9U5YAz
Макаренко Николай Емельянович // Жертвы политического террора в СССР: [Електронний ресурс]. Режим доступу: https://goo.gl/fKJ6Ff
20 лютого