30 грудня 1945 року мистецтвознавця заарештували вдруге. Його звинувачували у співробітництві з нацистською владою під час тимчасової окупації Києва. В «особистому свідченні» зафіксовано діалог дослідника зі слідчим:
– Чому ви залишилися на окупованій території і працювали на німців?
– Я усвідомлював, що моя поведінка, мої антирадянські випади в епоху окупації не можуть минутися для мене безкарно, якщо повернеться радянська влада. «Ми залишимося тут до останнього подиху або до переможного кінця», – казав я всім, хто радив мені їхати.
Гіляров зізнався, що його лякала політика червоного терору: «Я не міг прийняти деяких реформ у сфері народного просвітництва, коли на посади професорів призначалися люди без необхідної кваліфікації… До колективізації в мене було внутрішньо негативне ставлення. Через ці суворі й жорстокі методи… Неприйнятною була для мене й художня політика радянського уряду. Продаж через Держторг за кордон музейних цінностей як наших, українських, так і столичних музеїв. Я схильний бачити в цьому шкідливу антирадянську ініціативу. Я намагався в порядку відомчої підлеглості протестувати проти цього, але, звичайно, дарма… Нарешті, я дуже негативно ставився до знищення пам’яток архітектурної давнини в Києві. Протестувати чи виступати проти цих руйнацій я не бачив можливості, оскільки вони були санкціоновані вищими урядовими органами».
До справи долучили доноси й посилання на гіляровський коментар до картини Пітера Брейгеля «Сліпі». Мовляв, хтось чув під час його лекції, як народ іде за сліпцями і впаде вслід за ними в провалля…
Сергій Гіляров помер 8 лютого 1946 року у Лук’янівській в’язниці Києва. Офіційною причиною смерті було названо запалення легень. Згодом з’ясувалося, що науковець помер від виснаження – відмовився від їжі, оголосивши голодування.
Безручко Олександр. Професор Сергій Гіляров: Етапи творчого і педагогічного шляху // Студії мистецтвознавчі. – 2010. – № 3(31). Режим доступу: https://goo.gl/7wJfha
Безручко Олександр. Сергій Олексійович Гіляров: доля вченого та мистецтвознавця на тлі війни // З архівів ВУЧК-ГПУ-НКВД-КГБ. – 2011. – № 1 (36). https://goo.gl/9JJciv
Гедз Віталій. Музеї Києва під час нацистської окупації // Історія повсякденності: теорія та практика: матеріали Всеукр. наук. конф., Переяслав-Хмельницький, 14–15 трав. 2010 р. – Переяслав-Хмельницький, 2010. Режим доступу: https://goo.gl/ vVEnqP
Гіляров Сергій Олексійович // Київський національний університет імені Тараса Шевченка: Незабутні постаті. – К.: Світ Успіху, 2005. Режим доступу: https://goo.gl/rmwlrp
Іванов Юрій. Гілярови – на всі часи. Історія одного родоводу // Дзеркало тижня. – 2005. – 8 липня. Режим доступу: https://goo.gl/Mu1ovN
9 лютого