Осенью 1903 г. Владыка ушел на покой, оставшись жить в Спасо-Ярославском монастыре. 18 октября 1906 г., архиепископ Ионафан преставился ко Господу и был погребен в том же монастыре (в усыпальнице Спасо-Преображенского собора). После Великой Отечественной войны его останки были перенесены на городское кладбище на Туговой горе.
Выписка из списка духовенства «Архипастыри Костромской епархии за 150 лет существования (1745—1898 г.г.)» (К 50-летнему юбилею Преосвященнейшаго Виссариона, Епископа Костромского и Галичского. Кострома 1898 год):
Доселе здравствующий Высокопреосвященнейший Архиепископ Ярославский Ионафан, бывший епископ Кинешемской, в мире Иоанн Руднев, родился в Орловской губернии, сын священника. Первоначальное образование получил в Орловской семинарии. В 1843 г. окончил курс в Киевской Академии и определен учителем 2-го Белгородского духовного училища. В 1845 году получил ученую степень кандидата. В 1846 году учитель Орловской семинарии. В 1854 году сентября 30 пострижен в монахи. В 1855 г. инспектор Орловской семинарии. В 1860 г. Ректор Орловской семинарии и настоятель Спасо-Троицкого монастыря. В 1864 г. ректор Олонецкой семинарии. В 1866 г. июля 26\сентября 4 епископ Кинешемский. В 1869 г. августа 29 епископ Олонецкий. В 1877 г. февраля 28 – Ярославский. В 1883 г. мая 15 Архиепископ.
(Список арх. №392).
Сочинения
Юбилейный сборник.– Ярославль, 1899;
Речь Святейшему Правительствующему Синоду, произнесенная ректором Олонецкой духовной семинарии, архимандритом Ионафаном, при наречении его во епископа Кинешемского, викария Костромского // Странник.– 1866.– №10.– Отд. IV.– С. 2—3;
Каков должен быть истинный монах? // Там же.– 1878.– №1;
Архипастырское воззвание // Церковные ведомости.– 1889.– №42.– Прибавление. С. 1268;
Пастырское послание возлюбленным о Христе пастырям Ярославской церкви // Церковные ведомости.– 1890.– №29.– Прибавление.– С. 921;
Поучение в день памяти страдальческой кончины св. благ. князя царевича Димитрия Угличского // Церковные ведомости.– 1891.– №24.– Прибавление.– С. 771;
Воспоминание о преосвященном архиепископе Смарагде // Церковно-общественный вестник.– 1879.– №34.– С. 5—6.
09.10.1866 – Предписание Ионафана, епископа Кинешемского, викария Костромской епархии братии Богородицкого Игрицкого мужского монастыря об отпуске Смоленской иконы Божьей Матери в посад Большие Соли Костромского уезда Костромской губернии с 15 октября по 8 ноября 1866 г. ГАКО, ф. 706, оп. 1, д. 33, л. 186;