Все викарии находились в личном распоряжении епископа, которому и подчинялись. Он давал им по своему усмотрению поручения, в редких случаях обязанности викария оговаривались Святейшим Синодом при назначении. Но имелись и такие епархии, где викарии выполняли твердо установленные обязанности.
Находящиеся в подчинении у епископа органы, осуществляющие функции управления и суда, назывались по-разному: Духовный приказ, домовая архиерейская контора, канцелярия (при архиерейском доме) или просто архиерейский дом. В последствии за центральным органом епархиального управления закрепилось название духовная дикастерия или консистория. В 1744 г. вышел указ об учреждении консисторий во всех епархиях.
Год 1841 в истории епархиального управления стал переломным. На утверждение государю обер-прокурором графом Н. А. Протасовым был представлен Устав духовных консисторий. Новый Уставу предоставил единую правовую основу епархиальным управлениям всей Российской империи. Находящаяся под непосредственным руководством епархиального архиерея консистория осуществляла административные и судебные функции. Святейший Синод был высшей инстанцией для консистории. Консистория состояла из белого и черного духовенства и канцелярии (присутствия) которое назначались епископом и в случае необходимости увольнялись Святейшим Синодом. Каждый член присутствия имел свой «стол» (свой круг обязанностей), но решения принимались только на совместных заседаниях. Канцелярия находилась под руководством секретаря, который назначался Святейшим Синодом по предложению обер-прокурора. Фактически секретарь подчинялся непосредственно епископу, но одновременно должен был исполнять и указания обер-прокурора, контролировавшего таким образом ключевой орган консистории. В ведении консистории находились дела по церковному имуществу, дела духовенства и мирян. Дела эти рассматривались коллегиально, решения принимались на совместных заседания, протоколы предоставлялись епископу. Епископ имел право вернуть дело назад. В случае, если к единому мнению прийти не удавалось, окончательное решение оставалось за епископом. Начиная с середины XIX в. епископы оказываются все более перегружены делами консисторий. Вот что пишет митрополит Филарет Дроздов в своих воспоминаниях: «Глаз моих и с очками часто недостает для сего бумажного века». В 1869 г. утверждается новый бюджет (штаты) духовных консисторий, а в 1883 г. появляется и обновленный Устав консисторий.
В XVIII в. из числа ученых монахов (которые зачастую были также секретарями